PSMIX公司

PSMIX:一个基于极大似然法的群体结构推断的R包。背景:从遗传标记推断群体分层和个体混合是多种情况下研究的重要组成部分,如关联图和进化研究。贝叶斯方法被提出用于多基因位点基因型的群体分层和混合推理,并在实践中得到广泛应用。然而,这些贝叶斯方法需要大量的计算资源,在基于马尔可夫链蒙特卡罗的后验抽样中可能会遇到收敛问题。结果:我们开发了PSMIX,一个基于最大似然法和期望最大化算法的R包,用于人群分层和个体混合的推断。结论:与基于贝叶斯方法(如结构)的软件相比,PSMIX具有相似的精度,但计算效率更高。PSMIX及其补充文件可在http://bioinformatics.med.yale.edu/PSMIX免费获取

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