木乃伊 swMATH ID: 13110 软件作者： 内华达州Grishin Pei J 说明： MUMMALS：通过使用具有局部结构信息的隐马尔可夫模型改进多序列比对。我们开发了MUMMALS，这是一个利用概率一致性构建多蛋白质序列比对的程序。MUMMALS通过使用具有多个匹配状态的成对对齐隐马尔可夫模型（HMM）来提高对齐质量，这些匹配状态描述局部结构信息，而不使用显式结构预测。这些模型的参数是从基于结构的路线的大型库中估算出来的。我们表明：（i）在远程同源序列中，MUMMALS在几个主要的比对器中达到了统计上最好的准确性，例如ProbCons、MAFFT和MUSCLE，尽管平均改进很小，大约为几个百分点；（ii）大量收藏（>10 000）的自动计算的不同蛋白质结构域的成对结构比对优于较小但精心策划的数据集，用于估计比对参数和性能测试；（iii）使用序列比对依赖结构叠加对比对质量进行的参考依赖性评估与比较基于序列比对与基于结构比对的参考依赖评估密切相关。 主页： http://nar.oxfordjournals.org/content/34/16/4364.short 相关软件： MAFFT公司;探针Cons;肌肉;ClustalW公司;巴利巴斯;T-咖啡;卡林;直径-TX;普罗瓦林;MSA探测器;DIALIGN公司;M-咖啡;PCMA公司;Clustal X公司;指南2;罢工;蛋白石;里昂;RASCAL公司;充分满足 引用于： 4文件 全部的 前5名12位作者引用 1 阿娜·阿里巴斯·吉尔 1 阿里·达巴 1 丹·德布拉西奥 1 约翰·凯切西奥卢。 1 Lárraga Ramírez，玛丽亚·E。 1 凯瑟琳·马蒂亚斯 1 罗曼·安塞尔莫（Roman Anselmo），莫拉古蒂埃雷斯（Mora-Gutiérrez） 1 Antonin S.Ponsich。 1 哈维尔·拉米雷斯-罗德里格斯 1 Rincón-García，Eric Alfredo 1 阿卜杜勒卡梅尔·塔里 1 贾法尔·邹阿什 4篇连载文章中引用 1 计算 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算生物学 1 信息系统与运筹学 在3个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 运筹学、数学规划（90-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文