产品开发B2PQR swMATH ID: 13087 软件作者: T.Dolinsky、J.Nielsen、A.McCammon、N.Baker 描述: PDB2PQR:用于设置泊松-玻尔兹曼静电计算的自动管道。连续溶剂化模型,如Poisson–Boltzmann和广义Born方法,已成为研究静电对生物分子结构、能量学和动力学影响的越来越流行的工具。然而,使用这种方法需要准确完整的结构数据以及力场参数,如原子电荷和半径。不幸的是,连续静电计算中的限制步骤通常是将缺失的原子坐标添加到蛋白质数据库中的分子结构中,并将参数指定给生物分子结构。为了解决这个问题,我们开发了PDB2PQR web服务(http://agave.wustl.edu/pdb2pqr/). 该服务器自动化了许多为连续静电计算准备结构的常见任务,包括将有限数量的缺失重原子添加到生物分子结构中,估计滴定状态并以符合有利氢键的方式使生物分子质子化,从各种力场中分配电荷和半径参数,最后生成与几个流行的计算生物学软件包兼容的“PQR”输出。该服务旨在为专家和非专家提供静电计算的设置和执行便利,从而扩大生物界对生物分子系统的连续静电分析的可及性。 主页: http://nar.oxfordjournals.org/content/32/suppl_2/W665.short 相关软件: APBS公司;甲基溴联苯醚;TABI公司;禁忌;查姆;DelPhi Web服务器;供应商管理部;PBEQ解决方案;德尔菲;DOLFIN公司;PETSc公司;TMSmesh公司;SDPBS系统;蟒蛇;FEniCS公司;DelPhiForce公司;格鲁马克斯;IIMPACK公司;新加坡;NAMD公司 引用于: 37文件 全部的 前5名86位作者引用 6 谢德轩 5 魏国伟 4 卢、本佐 三 陈,段 三 耿伟华 三 英金勇 三 郑琼 2 Chandrajit L.巴贾杰。 2 罗伦娜·巴巴。 2 陈家辉 2 陈,战 2 克里斯托弗·库珀。 2 拉斐尔·伊根 2 福雷德里克·吉布 2 迈克尔·霍尔斯特。 2 姜毅 2 刘金亮 2 刘天田 2 屠斌 2 谢、燕 2 于泽云 2 张林波 1 伯克·阿克索鲁 1 Rommie E.阿玛罗。 1 内森·贝克(Nathan A.Baker)。 1 Jaydeep P.巴丹。 1 丹尼尔·博奇科夫 1 法比奥·博纳科索 1 斯蒂芬·邦德。 1 陈敏洪 1 陈敏欣 1 陈顺川 1 陈一良 1 莱蒂齐亚·奇奥多 1 乔杜里,罗奇什努 1 埃里克·C·赛尔。 1 卢克·卡扎普拉 1 托德·多林斯基。 1 窦,魏 1 米希尔·杜尔夫 1 鲍勃·艾森伯格 1 Marcia O·芬利。 1 阿里尔·费尔南德斯 1 西蒙娜塔·菲利皮 1 Leslie F.Greengard。 1 罗伯特·C·哈里斯。 1 何加迪 1 艾伦·洛佩斯·埃尔南德斯 1 何,Kenneth L。 1 胡京珍 1 胡朗华 1 奇特拉·卡基 1 邦郡权 1 马可·劳丽塞拉 1 李,林 1 亚历山德罗·洛皮尼 1 特拉维斯·麦考伊 1 伊冯·玛代 1 J.Andrew McCammon 1 安德烈亚·蒙台梭利 1 尼尔森,Jens E。 1 权、潮余 1 亚历山大·兰德 1 任奎 1 萨拉斯(Salas)、吉塞拉(Gicela G.Saucedo) 1 舒玉成 1 本杰明·斯坦姆 1 苏西·索罗 1 孙胜杰 1 约翰内斯·托什 1 阿德里亚诺·蒂里博奇 1 蔡延熙 1 沃塔普卡,西巷。 1 吴思迪 1 夏,科林 1 西安、岳郊 1 谢,杨 1 谢义新 1 杨思阳 1 张晓宇 1 赵珊 1 马克西姆·真伊罗夫斯基 1 钟一民 1 周生高 1 周永成 1 朱云荣 全部的 前5名13篇连载文章中引用 12 计算物理杂志 5 计算物理中的通信 4 计算机物理通信 4 基于分子的数学生物学 三 SIAM科学计算杂志 2 国际生物医学工程数值方法杂志 1 科学计算杂志 1 应用科学中的数学模型与方法 1 应用数学建模 1 SIAM审查 1 伦敦皇家学会会刊。系列A.数学、物理和工程科学 1 多尺度建模与仿真 1 计算和数学生物物理 全部的 前5名10个字段中引用 22 数值分析(65-XX) 21 生物学和其他自然科学(92-XX) 17 偏微分方程(35-XX) 11 光学、电磁理论(78-XX) 6 统计力学,物质结构(82-XX) 三 流体力学(76-XX) 2 计算机科学(68-XX) 1 微分几何(53至XX) 1 粒子和系统力学(70-XX) 1 系统论;控制(93至XX) 按年份列出的引文