斯普雷姆

反应分子动力学:数值方法和算法技术。。本文给出了反应动力学的经典程序实现。我们描述了各种数据结构,以及模拟引擎核心的电荷平衡解算器。这个Krylov子空间求解器依赖于一个基于带阈值的不完全LU因式分解(ILUT)的预处理器,专门针对我们的应用。我们全面验证了sPuReMD在多种碳氢化合物体系中的性能和准确性。特别是,我们展示了出色的每时间步长时间,线性时间缩放系统大小,以及低内存占用。spreemd是一个带有GPL的自由分布软件,目前正被用于模拟从生物膜的氧化应力到Si-Ge纳米棒的应变松弛等各种系统。