科福尔加 swMATH ID: 12674 软件作者: 明仁天田 描述: Cofolga:一种用于发现两个RNA共同折叠的遗传算法。为了根据基因组序列预测非编码RNA基因和功能,准确的二级结构预测是有用的。虽然mfold等单序列折叠程序已经取得了成功,但开发一种新的方法来进一步提高预测性能是非常重要的。本文提出了一种基于遗传算法Cofolga的二级结构预测方法。开发的程序同时执行两个同源RNA的折叠和对齐。使用由13个tRNA、7个5S rRNA、5个RNase P RNA和5个SRP RNA组成的数据集测试Cofolga;结果表明,Cofolga以最佳权重因子和默认参数获得的tRNA、5S rRNA、RNase P RNA和SRP RNA的平均预测精度分别为83.6、81.8、73.5和67.7这些结果优于基于自由能最小化的单序列折叠所获得的结果,其中相应的平均预测精度分别为52.4、47.4、57.7和52.3 主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927105000198 关键词: 二级结构预测;自由能最小化;序列对齐;协变(Covariation);模拟退火 相关软件: 百万倍;ddbRNA;MARNA公司;PSoL公司;项目II;Sfold公司;RNA动力学;RSEACH公司;Pfold(折叠);控制折叠;阿拉贡;snoSeeker(搜索引擎);T-咖啡;tRNA扫描-SE;RNA形状;法国皇家医学会 引用于: 2文件 标准条款 1出版物描述软件,包括1出版物在zbMATH中 年份 Cofolga:一种用于发现两个RNA共同折叠的遗传算法。 Zbl 1096.92019号明仁天田 2005 4位作者引用 1 埃尔南多·德尔·波蒂略。 1 阿兰·米切尔·达勒姆 1 阿丽亚娜·马查多·利马 1 明仁天田 2篇连载文章中引用 1 数学生物学杂志 1 计算生物学和化学 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 运筹学、数学规划(90-XX) 按年份列出的引文