×

科福尔加

swMATH ID: 12674
软件作者: 明仁天田
描述: Cofolga:一种用于发现两个RNA共同折叠的遗传算法。为了根据基因组序列预测非编码RNA基因和功能,准确的二级结构预测是有用的。虽然mfold等单序列折叠程序已经取得了成功,但开发一种新的方法来进一步提高预测性能是非常重要的。本文提出了一种基于遗传算法Cofolga的二级结构预测方法。开发的程序同时执行两个同源RNA的折叠和对齐。使用由13个tRNA、7个5S rRNA、5个RNase P RNA和5个SRP RNA组成的数据集测试Cofolga;结果表明,Cofolga以最佳权重因子和默认参数获得的tRNA、5S rRNA、RNase P RNA和SRP RNA的平均预测精度分别为83.6、81.8、73.5和67.7这些结果优于基于自由能最小化的单序列折叠所获得的结果,其中相应的平均预测精度分别为52.4、47.4、57.7和52.3
主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927105000198
关键词: 二级结构预测;自由能最小化;序列对齐;协变(Covariation);模拟退火
相关软件: 百万倍;ddbRNA;MARNA公司;PSoL公司;项目II;Sfold公司;RNA动力学;RSEACH公司;Pfold(折叠);控制折叠;阿拉贡;snoSeeker(搜索引擎);T-咖啡;tRNA扫描-SE;RNA形状;法国皇家医学会
引用于: 2文件

按年份列出的引文