BEAGLE公司 swMATH ID: 12586 软件作者： 艾尔斯·D.L.、达林·A.、兹维克·D.J.、比利·P.、霍尔德·M.T.、刘易斯·P.O.、胡尔森贝克·J.P.、罗奎斯特·F.、斯沃福德·D.L..、卡明斯·M.P.、兰伯特·A.、苏查德·M.A。 描述： BEAGLE：统计系统发育学的应用程序编程接口和高性能计算库。系统发生推断是我们理解生命起源和进化的大多数方面的基础，近年来，人们对贝叶斯推断和最大似然估计等统计方法产生了浓厚的兴趣。然而，对于大型数据集和现实或有趣的进化模型，这些方法仍然需要计算。高通量测序可以产生数千个分类群的数据，但使用串行计算来解决这些问题通常需要使用非统计或近似方法。最近出现的图形处理单元（GPU）提供了一个利用其出色的浮点计算性能来加速统计系统发育推断的机会。一个专门的进化计算库将允许现有的软件包更有效地利用可用的计算机硬件，包括GPU。采用通用库还将使其他新兴计算架构（如现场可编程门阵列）在未来更容易使用。我们提出了BEAGLE，一个用于高性能统计系统发育推断的应用程序编程接口（API）和库。API提供了一个统一的接口，用于在各种计算硬件平台上执行系统发育可能性计算。该库包括一组高效的实现，目前可以利用硬件，包括使用NVIDIA CUDA的GPU、带有“数据流单指令多数据扩展指令集”的中央处理器（CPU）和相关的处理器补充指令集，以及通过OpenMP的多核CPU。为了证明通用API的优势，我们将该库合并到了几个流行的系统发育软件包中。BEAGLE库是根据Lesser GPL授权的免费开源软件，可从http://beagle-lib.googlecode.com。示例客户端程序作为公共域软件提供。 主页： http://sysbio.oxfordjournals.org/content/early/2011/20/sysbio.syr100.short 相关软件： 野兽;Bayes先生;R（右）;BEAUti公司;猿;卢比;快速树;蟒蛇;RAxML公司;pIQPNNI公司;DPRml公司;Matlab公司;rwty（相对湿度）;AWTY（空载）;8月;适配器MCMC;GEIGER公司;多BUGS;Rphylopars公司;杂色树 引用于： 5文件 全部的 前5名17位作者引用 1 盖伊·贝尔 1 德克·布罗克曼 1 洛伦佐·卡佩略 1 克拉特，格雷戈里 1 太可笑了，西蒙 1 安德鲁·霍尔布鲁克。 1 米切尔·霍顿。 1 卢克·凯利。 1 Kim，Jaehee H。 1 菲利普·莱米 1 刘思凡 1 M.Graham洛佩兹 1 朱莉娅·帕拉西奥斯（Julia A.Palacios）。 1 安德鲁·兰伯特 1 罗宾·莱德。 1 马克·苏查德（Marc A.Suchard）。 1 Tandy J.沃诺。 4篇连载文章中引用 1 统计科学 1 应用统计学年鉴 1 计算生物学 1 计算与图形统计杂志 在5个字段中引用 三 统计学（62-XX） 1 一般性和全局性主题；集合（00-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文