×

贞洁

swMATH ID: 122
软件作者： 米格尔·O·伯纳乌。；拉斐尔·博尔达斯；帕希马纳坦，普拉斯；皮特·弗朗西斯，乔；乔纳森·库珀（Jonathan Cooper）；阿兰·加里；David J.Gavaghan。；布兰卡·罗德里格斯；南部，詹姆斯·A。；乔纳森·怀特利（Jonathan P.Whiteley）。
描述： Chaster：将一种新的多尺度时空算法集成到大型开源库中。最近的工作描述了作为癌症、心脏和软组织环境（Chaster）项目的一部分而建立的软件工程和计算基础设施。Chaster是一个开源软件包，目前具有心脏和癌症建模功能。该软件是使用从商业部门引进的编程范式编写的，其代码经过了比该领域通常更严格的测试程序。在本文中，我们解释了如何将新功能并入Chaster。怀特利开发了一种数值算法，用于求解双域方程，该算法利用所建模生理学的多尺度（MS）特性来提高计算效率。据报道，该算法使用二维简单几何图形和特制代码，计算效率提高了两个数量级以上。在本文中，我们首先回顾了目前用于求解双域方程的数值方法，解释了如何开发这些方法来使用上述MS算法。然后，我们演示了在Chaster框架内使用此算法求解三维真实心脏几何体中的单域和双域方程。最后，我们讨论了如何开发Chaster以包含新的生理功能，例如模拟心脏跳动和心脏内的液体流动，以及如何合并旨在提高代码效率的新算法。
主页： http://www.cs.ox.ac.uk/chaste网站/
源代码：  https://github.com/Chaste/Chaste公司
依赖项： C类++
关键词： 开源；仿真软件包；生理学；生物学；开源软件杂志；心脏电生理学；心脏节律
相关软件： CellML手机；物理细胞；PETSc公司；CellSys公司；生物细胞；Matlab公司；FEniCS公司；蟒蛇；CompuCell3D；坚果类；开放式CMISS；莫菲斯；科学Py；特里利诺斯；内克塔尔++；日晷；github；幽门螺杆菌；佐尔坦；动画3D
引用于： 57文件
更多出版物： http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/publications.html

标准条款

2出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份
贞洁：癌症、心脏和软组织环境链接
库珀等人。
2020
Chaster：将一种新的多尺度时空算法集成到大型开源库中。 Zbl 1185.92057号
伯纳乌，米格尔·O。；拉斐尔·博尔达斯；普拉斯，巴赫马纳坦；乔·皮特·弗朗西斯；乔纳森·库珀；阿兰·加里；大卫·J·加瓦根。；布兰卡·罗德里格斯；James A.Southern。；乔纳森·怀特利（Jonathan P.Whiteley）。
2009
全部的 前5名

146位作者引用

8 亚历山大·弗莱彻。
8 詹姆斯·奥斯本。
5 加里·米拉姆斯。
5 乔·弗朗西斯（Joe M.Pitt Francis）。
5 雷蒙德·斯皮特里。
4 海伦·玛丽·伯恩
4 大卫·J·加瓦根。
4 菲利普·库马尔·梅尼
4 普拉斯，巴赫马纳坦
4 乔纳森·怀特利（Jonathan P.Whiteley）。
三 露丝·伊丽莎白·贝克
三 拉斐尔·博尔达斯
三 斯蒂芬·乔纳森·查普曼
三 布兰卡·罗德里格斯
三 James A.Southern。
2 克里斯托弗·亚瑟。
2 伯纳乌，米格尔·O。
2 马丁·毕晓普（Martin J.Bishop）。
2 布鲁斯·博曼（Bruce M.Boman）。
2 阿纳斯州布什尼塔
2 杰西卡·塞尔维
2 乔纳森·库珀（Jonathan E.Cooper）。
2 埃德蒙·约翰·克拉宾
2 德图利奥，马尔科·多纳托
2 布鲁克斯·埃梅里克
2 阿兰·加里
2 德梅尼克·杰马诺。
2 安德烈亚斯·海兰德
2 奥利弗·詹森（Oliver E.Jensen）。
2 斯图亚特·约翰斯顿。
2 约翰·塞缪尔·洛温格鲁
2 蒙塞夫·马霍布
2 西蒙·莫甘蒂
2 亚历山德罗·尼蒂
2 弗朗西斯科·帕斯夸利尼。
2 亚历山德罗·雷亚尔
2 吉尔伯托·施莱尼格尔（Gilberto F.Schleiniger）。
2 米歇尔·托雷
2 亚历克斯·沃尔特
2 内吉布·泽姆泽米
1 亚西内·阿比迪
1 阿克塞尔·阿尔梅特（Axel A.Almet）。
1 马可·安东尼奥蒂
1 利亚·阿斯纳
1 穆拉德·贝拉索德
1 Tanner A.Bohn。
1 克里斯托弗·布雷沃德（Christopher J.W.Breward）。
1 Burrage，Kevin凯文
1 Ksenia A.Butova。
1 J.O.坎波斯。
1 布鲁诺·卡彭蒂埃里
1 牧师Mark A.J。
1 Chernyshenko，Alexey Yu。
1 亚历克斯·库姆斯
1 布莱克·库克。
1 A.N.库克森。
1 弗格斯·库珀。
1 塞萨尔·科拉多
1 伊夫·库迪埃
1 阿德里安·库利埃
1 亚历山大·达尼洛夫。
1 伊莎贝尔·玛丽亚·纳拉
1 亚历山大·米哈伊洛维奇·杰尼索夫
1 多斯桑托斯，R.韦伯
1 萨拉·邓恩
1 恩奎斯特，比约恩·E·。
1 蒂莫菲·伊潘钦采夫。
1 F.A.，Carrieri公司
1 帕特里克·法雷尔（Patrick E.Farrell）。
1 詹妮弗·弗莱格（Jennifer A.Flegg）。
1 乔治·福蒂亚
1 西蒙·冯克（Simon W.Funke）。
1 兰詹·甘古利
1 克里希纳·加里基帕蒂
1 亚历克斯·格劳登齐
1 Kevin R.Green。
1 哈克，J.E。
1 斯特凡·海兰德
1 巴里·休斯。
1 Daniel E.Hurtado。
1 J.K.，戴尔
1 江，J。
1 亚历山大五世·加里宁。
1 科富特，E。
1 科尔肖，S.K。
1 金，蒙朱
1 约翰·罗伯特·金
1 安娜·康斯托勒姆
1 Jochen Kursawe公司
1 亚瑟·D·兰德。
1 凯里·兰德曼（Kerry A.Landman）。
1 托尼·拉西拉
1 贾米拉·拉苏德
1 李，杰克
1 小梅丽莎·H。
1 Lötstedt，Per公司
1 奥利弗·麦克拉伦。
1 法比奥·马吉奥
1 索尼娅·马蒂亚斯
1 克里斯蒂安·米克勒
…还有46位作者
全部的 前5名

20篇连载文章中引用

10 理论生物学杂志
8 数学生物学通报
5 SIAM科学计算杂志
4 数学生物学杂志
4 数学生物科学
三 应用力学与工程中的计算机方法
三 伦敦皇家学会哲学学报。系列A.数学、物理和工程科学
2 计算物理杂志
2 计算与应用数学杂志
2 俄罗斯数值分析与数学建模杂志
1 机械学报
1 计算机与数学及其应用
1 计算机物理通信
1 反问题
1 应用数值数学
1 计算力学
1 计算数学与建模
1 SIAM应用数学杂志
1 数学生物科学与工程
1 国际生物医学工程数值方法杂志
全部的 前5名

在12个字段中引用

52 生物学和其他自然科学（92-XX）
20 数值分析（65-XX）
13 偏微分方程（35-XX）
5 可变形固体力学（74-XX）
4 计算机科学（68至XX）
4 流体力学（76-XX）
2 动力系统和遍历理论（37至XX）
2 光学、电磁理论（78-XX）
1 总体主题；集合（00-XX）
1 组合数学（05-XX）
1 变分法与最优控制；最优化（49至XX）
1 统计学（62-XX）

按年份列出的引文