×

CloudBLAST(云爆炸)

swMATH ID: 12013
软件作者: A.Matsunaga、M.Tsugawa、J.Fortes
描述: CloudBLAST:将MapReduce和分布式资源虚拟化结合起来,用于生物信息学应用程序。本文提出并评估了一种生物信息学应用程序的并行化、部署和管理方法,该方法集成了几种用于分布式计算的新兴技术。提出的方法使用MapReduce范式并行化工具并管理其执行,机器虚拟化将其执行环境和常用数据集封装到可灵活部署的虚拟机中,和网络虚拟化,以连接防火墙/NAT背后的资源,同时保持必要的性能和通信环境。本文描述了该方法的一个实现,并用于演示和评估所提出的方法。该实现将Hadoop、Virtual Workspaces和ViNe分别集成为MapReduce、虚拟机和虚拟网络技术,以便在基于WAN的测试床上部署常用的生物信息学工具NCBI BLAST,该测试床由位于佛罗里达大学和芝加哥大学这两个不同位置的集群组成。这种基于广域网的实现,称为CloudBLAST,针对非虚拟化和基于局域网的实现进行了评估,以评估机器和网络虚拟化的开销,这些开销被证明是微不足道的。为了将提出的方法与基于MPI的解决方案进行比较,在同一个基于WAN的测试平台上对CloudBLAST与公开可用的mpiBLAST进行了实验对比。随着可用处理器数量的增加,这两个版本的性能都有所提高,当使用两个站点上的64个处理器时,CloudBLAST的速度提高了57倍,而MPI版本的速度则提高了52.4倍。研究结果鼓励使用所提出的方法在新兴分布式环境中执行大规模生物信息学应用程序,这些环境将计算资源作为服务提供访问。
主页: http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=4736761
相关软件: R(右);CSAR公司;乔达;LVSmiRNA;插入子集;牛基因组;逻辑T;生物导体;RBio云;普罗瓦林;十字弓;k平均值++;经济学;T-咖啡;卡林;肌肉;云对齐器;CloudBurst(云突发);印章;外汇
引用于: 1文件

连载1篇

1 ISRN生物数学

按年份列出的引文