MSA探测器 swMATH ID: 12007 软件作者： Y.Liu、B.Schmidt和D.L.Maskell 描述： MSAProbs：基于对隐马尔可夫模型和配分函数后验概率的多序列比对。动机：多序列比对对生物信息学和计算生物学至关重要。尽管已经设计了大量计算多序列比对的算法，但高效计算高精度的多序列比对仍然是一个挑战。结果：我们提出了一种新的实用的蛋白质序列多重比对算法MSAProbs。MSAProbs的设计基于对隐马尔可夫模型和配分函数的组合来计算后验概率。此外，结合了两种关键的生物信息学技术，即加权概率一致性变换和加权剖面-剖面对齐，以提高对齐精度。通过使用流行的基准进行评估：BAliBASE、PREFAB、SABmark和OXBENCH，MSAProbs相对于现有的顶级校准仪（包括ClustalW、MAFFT、MUSCLE、ProbCons和Probalign），实现了统计上显著的精度改进。此外，通过采用多线程设计，MSAProb针对多核CPU进行了优化，与其他对齐器相比，其执行时间具有竞争力。可用性：MSAProbs的源代码是用C++编写的，可以从免费公开获取http://msaprobs.sourceforge.net。 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/16/1958 相关软件： T-咖啡；MAFFT公司；探针Cons；卡林；肌肉；普罗瓦林；ClustalW公司；巴厘岛；DIALIGN公司；木乃伊；直径-TX；M-咖啡；指南2；罢工；蛋白石；里昂；RASCAL公司；PCMA公司；充分满足；PMFastR项目 引用于： 3文件 全部的 前5名8位作者引用 1 阿里·达巴 1 朱拉特·道格莱特 1 丹·德布拉西奥 1 John D.Kececioglu。 1 艾斯林·奥德里斯科尔 1 罗伊·D·斯莱特。 1 阿卜杜勒卡梅尔·塔里 1 贾法尔·邹阿什 3篇连载文章中引用 1 计算生物学 1 ISRN生物数学 1 信息系统与运筹学 在2个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文