差距Mis swMATH ID: 11923 软件作者： 卡尔·巴顿；弗洛里（Flouri）、托马夫（Tom'av）；伊利奥普洛斯，科斯塔斯·S。；Pissis，Solon P。 描述： 具有有限数量间隙的全局和局部序列对齐。近年来，成对序列比对技术重新引起了人们的兴趣，主要是因为它们在重新测序中的应用——由参考序列引导的基因组组装。在本文中，我们表明，增加了对插入对齐中的间隙数进行定界的灵活性，加强了评分矩阵和仿射间隙惩罚分数的经典序列对齐方案。我们提出了GapsMis算法，这是一种具有可变但有界间隙数的成对全局序列对齐算法。它基于计算用于全局序列比对的传统动态编程矩阵的变体。我们还提出了GapsMis-L，这是一种用于具有可变但有界数量间隙的成对局部序列比对的类似算法。为了测试GapsMis和GapsMis-L的准确性，我们根据实际全长基因组的特性，在现实条件下进行了数百万对序列比对。结果表明，与传统方法相比，GapsMis和GapsMis-L可以提高扩展短读对齐的精度。我们的贡献的重要性在于，所提供的算法可以无缝集成到任何生物管道中。我们实现的开源代码可以在http://www.inf.kcl.ac.uk/research/projects/gapmis/。 主页： http://www.inf.kcl.ac.uk/research/projects/gapmis网站/ 关键词： 字符串算法;双序列比对;动态规划 相关软件： T-咖啡;BWA公司;EMBOS公司;蝴蝶结2;利比加米斯;标准作业程序3;香皂 引用于： 2文件 更多出版物： http://www.inf.kcl.ac.uk/research/projects/gapmis/？id=pub 全部的 前5名8位作者引用 1 埃洛伊州阿拉乌乔 1 卡尔·巴顿 1 托马斯·弗洛里 1 卡洛斯·H·A·希加。 1 科斯塔斯·S·伊利奥普洛斯。 1 马丁内斯，法比奥·维杜阿尼 1 Pissis，Solon P。 1 Jose F.苏亚雷斯。 2篇连载文章中引用 1 离散应用数学 1 理论计算机科学 在3个字段中引用 2 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 一般拓扑结构（54至XX） 按年份列出的引文