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sbioPN公司

swMATH ID: 11725
软件作者: 罗伯托·贝托卢索;基梅尔
描述: sbioPN:sbioPN:使用Petri网模拟确定性和随机性空间生化反应网络。sbioPN是一个适用于模拟具有空间效应的生物化学反应网络的确定性和随机系统的软件包。模型是使用Petri网的子集定义的,其定义方式与化学反应的定义方式非常接近。对于确定性解,sbioPN“动态”创建相关的微分方程系统,并使用龙格-库塔-多曼德-普林斯45显式算法进行求解。对于随机解,sbioPN提供了Gillespie算法或SSA的两种变体。对于混合确定性/随机性,它使用Haseltine和Rawlings算法,将系统划分为快反应和慢反应。sbioPN算法是用C语言开发的,以获得足够的性能。
主页: http://cran.r-project.org/web/packages/sbioPN/index.html
源代码:  https://github.com/cran/sbioPN
依赖项: R(右)
相关软件: SPPARKS公园
引用于: 6文件

按年份列出的引文