sbioPN公司 swMATH ID: 11725 软件作者: 罗伯托·贝托卢索;基梅尔 描述: sbioPN:sbioPN:使用Petri网模拟确定性和随机性空间生化反应网络。sbioPN是一个适用于模拟具有空间效应的生物化学反应网络的确定性和随机系统的软件包。模型是使用Petri网的子集定义的,其定义方式与化学反应的定义方式非常接近。对于确定性解,sbioPN“动态”创建相关的微分方程系统,并使用龙格-库塔-多曼德-普林斯45显式算法进行求解。对于随机解,sbioPN提供了Gillespie算法或SSA的两种变体。对于混合确定性/随机性,它使用Haseltine和Rawlings算法,将系统划分为快反应和慢反应。sbioPN算法是用C语言开发的,以获得足够的性能。 主页: http://cran.r-project.org/web/packages/sbioPN/index.html 源代码: https://github.com/cran/sbioPN 依赖项: R(右) 相关软件: SPPARKS公园 引用于: 6文件 标准条款 1出版物描述软件,包括1出版物在zbMATH中 年份 病毒感染模型中的空间和随机效应。 Zbl 1306.92057号罗伯托·贝托鲁索;马雷克·金梅尔 2012 全部的 前5名14位作者引用 2 罗伯托·贝尔托卢索 2 马雷克·金梅尔 1 Gennady A.Bocharov。 1 杜燕飞 1 Foo,茉莉花 1 斯泰芬·Härting 1 格热戈兹·卡奇 1 凯文·莱德 1 Marciniak Czochra,Anna K。 1 马克·丹尼尔·赖泽 1 铃木、卡纳科 1 阿拉·勒沃夫娜·塔塞维奇 1 Vitaly A.Volpert。 1 魏俊杰 全部的 前5名引用于6个系列 1 非线性 1 计算数学和数学物理 1 国际应用科学与工程分叉与混沌杂志 1 计算机基础理论 1 自然现象的数学建模 1 理论生物学杂志 在3个字段中引用 5 生物学和其他自然科学(92-XX) 4 偏微分方程(35-XX) 1 常微分方程(34-XX) 按年份列出的引文