聚团簇

亲和传播(AP)是由brendanj.Frey和delbertdeck提出的一种聚类算法。作者自己描述亲和力传播如下:“识别数据点之间的样本并围绕这些样本形成数据点簇的算法。它通过同时将所有数据点视为潜在的样本,并在数据点之间交换信息,直到出现一组好的样本和簇。”近年来,AP在各个领域得到了广泛的应用,其中生物信息学变得越来越重要。Frey和Dueck已经将他们的算法作为Matlab代码使用。然而,Matlab在生物信息学中相对少见。相反,统计计算平台R已经成为这一领域广泛接受的标准。为了将亲和传播用于生物信息学应用,我们将亲和传播作为一个R包来实现。但是请注意,给定的软件包绝不限于生物信息学应用。它与Frey和Dueck最初的Matlab代码一样普遍适用。该软件包进一步实现了杠杆式亲和传播、基于范例的聚集聚类和用于聚类结果可视化分析的各种工具。


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