Onto-Tools（在线工具） swMATH ID: 10974 软件作者： Draghici S、Khatri P、Bhavsar P、Shah A、Krawetz SA、Tainsky MA 描述： Onto-Tools，现代生物学家的工具包：Onto-Express、Onto-Compare、Onto-Design和Onto-Translate。Onto-Tools是一组由四个无缝集成的数据库组成的集合：Onto-Express、Onto-Compare、Onto-Design和Onto-Translate。Onto-Express能够自动将在给定条件下发现的差异调节基因列表转换为功能剖面，以表征所研究条件对各种生物过程和途径的影响。OE为以下类别构建功能剖面（使用基因本体术语）：生化功能、生物过程、细胞角色、细胞成分、分子功能和染色体位置。计算每个类别的统计显著性值。一旦初步探索性分析确定了许多相关的生物过程，就可以为所研究的条件假设具体的相互作用机制。目前，许多商业阵列可用于研究特定的机制。每一个这样的阵列都有一个由阵列上的基因代表特定通路的程度所决定的生物偏见。Onto-Compare是一个工具，它允许对任何商业或自定义数组集进行有效的比较。使用Onto-Compare，研究人员可以快速确定哪个数组或数组集最能涵盖所研究的假设。在许多情况下，没有商业阵列可用于特定的生物机制。Onto-Design是一种允许用户选择代表给定功能类别的基因的工具。Onto-Translate允许用户轻松地将登录号列表、UniGene集群和Affymetrix探针相互转换。上面的所有工具都是无缝集成的。Onto-Tools在线提供http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html。 主页： http://vortex.cs.wayne.edu/projects.htm 相关软件： GOstat公司；GOTM公司；GO工具箱；生物导体；戴维；CGH呼叫；法蒂戈；利马；聚会；R（右）；ProbCD（问题CD）；基因模式；vsn（vsn）；HEGESMA公司；山姆；塞杜米；基因芯片通路分析；TM4公司；MAPP索引器；集群Repro 引用于： 5文件 全部的 前5名14位作者引用 1 阿列克谢·安东诺夫。 1 陈曦 1 罗伯特·J·科菲。 1 索林·艾希奇博士 1 杰弗里·富兰克林。 1 达琳·R·戈尔茨坦。 1 斯特芬·格罗斯曼 1 鲁迪·格拉 1 汉斯·沃纳（Hans-Werner Mewes） 1 彼得·罗宾逊。 1 马丁·文格罗恩 1 Lily Z.王。 1 罗素·D·沃尔芬格。 1 张兵 3篇连载文章中引用 2 查普曼和霍尔/CRC数学和计算生物学系列 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算生物学和化学 在3个字段中引用 5 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文