HPAM公司

一种用于原核基因组的杂交启动子分析方法。后基因组时代的一大挑战是识别调控系统并将其整合到遗传网络中。基因表达由调节蛋白间的蛋白质相互作用和RNA聚合酶决定,这些反式作用因子与这些调控基因启动子区顺式作用的DNA序列的蛋白质DNA相互作用决定。因此,通过描述基因转录过程中调控因子的DNA基序来识别这些蛋白质与DNA的相互作用,对于确定哪些基因参与调控过程、它们的行为以及它们如何连接以构建遗传网络至关重要。我们提出一种混合启动子分析方法(HPAM)来发现复杂的启动子基序,它结合了神经网络的效率和表达不精确和不完整模式的能力、模糊模型的灵活性和可解释性;多目标进化算法能够根据多个准则搜索模型的最优实例。我们通过学习和预测原核基因组中的RNA聚合酶基序来检验我们的方法。这是一个特殊的挑战,因为RNA聚合酶靶点的多样性及其与其他转录因子的连接性,有时甚至在位置相近的调控区域也需要多个功能结合位点;而且其基序的不确定性使得位点具有低特异性(即。,不同于最佳的一致性或一致性)仍然有效。{stl-tools可用于http://soar

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