HPAM

原核基因组杂交启动子分析方法后基因组时代的一大挑战是识别监管系统并将它们整合到遗传网络中。基因表达是由调节蛋白和RNA聚合酶之间的蛋白质-蛋白质相互作用决定的,这些反式作用因子与这些调控基因启动子区的顺式作用DNA序列之间的蛋白质- DNA相互作用。因此,识别这些蛋白质- DNA相互作用,通过表征基因转录中调节因子的DNA基序,对于确定哪些基因参与调节过程、它们的行为方式以及它们是如何连接以构建遗传网络变得至关重要。我们提出了一个混合启动子分析方法(HPAM)发现复杂的启动子图案,结合了神经网络的效率和代表不精确和不完整的模式的能力;模糊模型的灵活性和可解释性;以及多目标进化算法通过根据多个准则进行搜索来确定模型的最优实例的能力。我们通过在原核基因组中学习和预测RNA聚合酶基序来测试我们的方法。这是一个特殊的挑战,因为RNA聚合酶靶点的多样性和它与其他转录因子的连接性,这有时需要多个功能结合位点,即使在紧密定位的调控区域中,并且它的基序的不确定性,这允许具有低特异性的位点(即,与最佳排列或一致性不同)仍然是功能性的。HPAM可用于{HTTP://SOAR工具.WUSTL.EDU.}中的公共使用。

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