核糖体构建器 swMATH ID: 10930 软件作者： 威廉·奈特；沃尔特·希尔；J.Stephen Lodmell 描述： 核糖体构建器：一个模拟核糖体的软件项目。核糖体构建器是一个软件项目，它提供了工具和技术，从快速增长的原子结构模型中创建大分子系统的动态模型。它包括一个计算机程序，允许用户在3D空间内组装多个分子组件，并定义这些组件的假设交互作用，其初始目标是在原子水平上理解蛋白质翻译的细节。该程序使用一个简化的分子动力学力场，可以模拟长时间尺度的事件，如翻译因子对接和mRNA移位。嵌入式脚本语言和应用程序编程接口（API）通过对原子和键上的外力和扭矩进行编程应用，可以创建转向分子动力学（SMD）模拟。提供了一个图形界面，用于显示模型并与模型交互，记录分子动力学运动的电影，以及创建复杂大分子事件的带注释的3D模拟。该项目的初步应用包括四环折叠的模拟、信使核糖核酸在30S亚基上的对接以及翻译延伸周期的示意性模拟。该程序是一个根据GNU公共许可发布的开源项目。 主页： http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927105000241 关键词： 核糖体翻译；核糖核酸；拉伸分子动力学；高分子模拟；核糖体建模 相关软件： MMTK公司；供应商管理部；路易斯安那州；PyMOL公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 威廉·奈特 1 J.Stephen Lodmell 连载1篇 1 计算生物学和化学 在2个字段中引用 1 数值分析（65-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文