原分子 swMATH ID: 10728 软件作者: Matthey,Thierry;特雷弗·奇科夫斯基;斯科特·汉普顿;Ko,Alice;马群;马修·尼尔吉斯(Matthew Nyerges);特洛伊州雷德;托马斯·斯拉巴赫;耶苏斯·A·伊扎古尔。 描述: ProtoMol是一个面向对象的框架,用于为分子动力学的新算法制作原型。ProtoMol是C++中的一个高性能框架,用于快速原型化分子动力学和相关应用的新算法。它的灵活性主要是通过使用继承和设计模式(面向对象编程)来实现的。通过使用能够为对性能至关重要的部分生成高效代码的模板(通用编程),可以获得性能。该框架封装了开发人员可以使用的重要优化,例如力计算中的并行性。其设计基于分子动力学(MD)数值积分器和力计算快速求解器的域分析,特别是由于静电相互作用。ProtoMol中实现了几种新的高效算法。最后,与领先的MD程序相比,ProtoMol的顺序性能非常好,并且它可以很好地扩展到中等数量的处理器。Windows、Linux、Solaris、IRIX、HP-UX和AIX平台的二进制文件和源代码可在以下位置获得开源许可http://protomol.sourceforge.net。 主页: http://protomol.sourceforge.net 相关软件: OOMPAA公司;GSHMC公司;磁粉探伤;球;线性代数库;LAPACK公司;闪电战++;SPASMS系统;设置;名称2;格鲁马克斯 引用于: 8文件 标准条款 1出版物描述软件,包括1出版物以zbMATH为单位 年份 ProtoMol是一个面向对象的框架,用于为分子动力学的新算法制作原型。 Zbl 1068.81641号马修·蒂埃里;特雷弗·奇科夫斯基;斯科特·汉普顿;柯爱丽丝;马,群;马修·尼尔吉斯;特洛伊州雷德;托马斯·斯拉巴赫;耶苏斯·A·伊扎古尔。 2004 全部的 前5名19位作者引用 6 耶苏斯·A·伊扎古尔。 5 斯科特·汉普顿。 2 马、群 2 马修·蒂埃里 1 埃琳娜·阿赫马茨卡亚 1 Jon M.Azpiroz。 1 乔治·巴拉科斯(George N.Barakos)。 1 保罗·布伦纳 1 桑塔努·查特吉 1 特雷弗·奇科夫斯基 1 布鲁诺·埃斯克里巴诺 1 柯爱丽丝 1 马修·尼尔吉斯 1 特洛伊州雷德 1 塞巴斯蒂安·雷奇 1 罗伯特·D·斯科尔。 1 托马斯·斯拉巴赫 1 雷内·斯特伊尔 1 温格,亚伦 5篇连载文章中引用 2 计算物理杂志 1 国际流体数值方法杂志 1 ACM数学软件汇刊 1 并行与分布式计算杂志 1 SIAM科学计算杂志 全部的 前5名在9个字段中引用 7 数值分析(65-XX) 2 流体力学(76-XX) 2 统计力学,物质结构(82-XX) 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 偏微分方程(35-XX) 1 动力系统和遍历理论(37至XX) 1 计算机科学(68至XX) 1 粒子和系统力学(70-XX) 1 量子理论(81-XX) 按年份列出的引文