科瓦因 swMATH ID: 10556 软件作者： 太阳X。；威克沃思·W·。 描述： Covain：一个用于单变量和多变量统计、时间序列和相关网络分析的工具箱，以及从代谢组学协方差数据中逆估计差分雅可比。代谢组学是系统生物学的基石之一，它将代谢活动描述为生物系统生理过程的最终结果，从而将基因型与相应的表型联系起来。由于代谢组学数据是高维的，统计数据分析很复杂。对于这些超复杂数据的统计分析和生物学解释，没有一种单一的技术足以揭示数据的全部信息内容。因此，在所有情况下，建议将单变量和多变量统计、网络拓扑和生化途径映射分析结合起来。因此，我们在MATLAB©中开发了一个具有完全图形用户界面支持的工具箱，称为协方差逆（COVAIN）。COVAIN提供了一个完整的工作流程，包括上传数据、数据预处理、单变量和多变量统计分析、Granger时间序列分析、路径映射、相关网络拓扑分析和可视化，最后以用户友好的方式保存结果。它包括方差分析、主成分分析、独立成分分析、聚类和相关系数分析，并集成了其他类似软件中未实现的新算法，如Granger因果关系和置换熵分析。此外，我们还提供了一种新的算法来重建两种不同代谢条件下的微分雅可比矩阵。该算法基于我们最近描述的代谢网络中随机波动的假设。通过整合代谢组学协方差矩阵和相应通路的化学计量矩阵N，该方法允许基于代谢组学数据对生化网络中的扰动位点进行系统研究。COVAIN主要用于代谢组学数据，但也可用于其他组学数据分析。集成了一个C语言编程模块，用于处理大型数据集的计算密集型工作，例如基因组水平的蛋白质组学和转录组学数据集，这些数据集通常包含数千或更多变量。COVAIN可以在多个数据集之间进行交叉分析和集成，这可能有助于研究细胞环境不同层次的响应，并将系统响应揭示为一个集成的分子网络。源代码可以从http://www.univie.ac.at/mosys/software.html。 主页： http://www.univie.ac.at/mosys/software.html 依赖项： Matlab公司 相关软件： Sbml工具箱;算法432;KEG转换器;KEGG公司;SDE工具箱 引用于： 1文件 2位作者引用 1 菲利普·库格勒 1 杨伟（Yang，Wei） 连载1篇 1 数学生物学杂志 在3个字段中引用 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文