维也纳

ViennaRNA包由一个C代码库和几个独立的程序组成,用于预测和比较RNA二级结构。通过能量最小化预测RNA二级结构是软件包中最常用的功能。我们提供了三种用于结构预测的动态规划算法:Zuker&Stiegler 1981的最小自由能算法和计算热力学系综中基对概率的分配函数算法(McCaskill 1990),以及(Wuchty等人1999)的次优折叠算法,该算法在最优能量的给定能量范围内生成所有次优结构。对于二级结构比较,该软件包包含使用字符串对齐或树编辑的多种距离度量(不同)(Shapiro和Zhang 1990)。最后,我们提供了一种设计具有预定义结构的序列的算法(逆折叠)。


zbMATH中的参考文献(参考文献22条,1标准件)

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按年份排序(引用)
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