乌尔姆

Urdme:复杂几何中反应输运过程随机模拟的模块化框架。我们已经开发了UDDME,一个灵活的软件框架,一般随机反应运输建模和仿真。URDME使用非结构三角形和四面体网格来求解一般的几何结构,并依赖于反应扩散主方程形式主义来模拟正在研究的过程。与成熟几何和网格处理外部软件(COMSOL Mulul物理学)的接口提供了一个稳定和交互式的模型构建环境。核心模拟例程在逻辑上与模型构建接口分离,并以低级语言写入计算效率。通过MATLAB接口实现与几何处理软件的连接,有利于脚本计算、数据管理和后处理。对于从业者,软件因此表现得很像交互式MATLAB工具箱。同时,可以用新开发的仿真例程修改和扩展URDME。由于总体设计有效地隐藏了管理几何和网格的复杂性,这意味着新开发的方法可以在开发的早期阶段在现实的设置中进行测试。


ZBMaCT中的参考文献(24篇文章中引用)

显示结果1至20的24。
按年份排序(引文
  1. Engblom,斯特凡:生长组织中模式形成的随机模拟:多层次方法(2019)
  2. L:空间依赖生化网络的线性噪声近似(2019)
  3. 麦克纳马拉,Cicely K.;米切尔,Elaine I.;牧师,Mark A. J.:合成基因调控网络的空间随机模拟(2019)
  4. 史米斯,史蒂芬,Grima,拉蒙:空间随机细胞内动力学:建模方法的回顾(2019)
  5. ChaveLee,奥古斯丁;恩格布隆,斯特凡:空间随机动力学多尺度变量分裂方法的路径误差界(2018)
  6. 萨克森,Samuel A.;张,英:可逆反应的非结构网格收敛反应扩散主方程(2018)
  7. SZMYA SKA,Zuzanna;Cytowski,Maciej;米切尔,伊莲;Macnamara,Cicely K.;牧师,Mark A. J.:癌症发展和生长的计算模型:多尺度和多尺度模型的建模(2018)
  8. Engblom,斯特凡:空间随机动力学的稳定性和强收敛性(2017)
  9. Engblom,斯特凡;Heland,安德烈亚斯;L O.TSTEDT,PER:随机反应扩散网络的多尺度模拟(2017)
  10. Hellander,安德烈亚斯;Klosa,J.L.O.Testt,PER;MacNamara,SeEV:在外部波动存在下的时空模型的鲁棒性分析(2017)
  11. 迈内克,丽娜:拥挤环境中扩散的多尺度模拟(2017)
  12. 布朗克,埃米利,恩格布伦,斯特凡;海兰德,安德烈亚斯;L·Testt,Pop:亚扩散区随机反应扩散动力学的介观模型(2016)
  13. Del Razo,Mauricio J.;钱红:一个通过扩散相遇的可逆双分子反应的离散随机公式(2016)
  14. Drawert,布瑞恩;Trgon,米迦勒;Toor,沙尔曼;PeZood,琳达;Heland,安德烈亚斯:MOLNS:一个使用PyurdMe(2016)的系统生物学中的交互式、可重复和可扩展的空间随机计算实验的云平台伊波尔特
  15. 迈内克,丽娜;Loo-Testt,PAR:笛卡尔网格上的随机扩散过程(2016)
  16. Stefan Widgren,Pavol Bauer,Stefan Engblom:SimInf:数据驱动的随机疾病传播模拟的R包(2016)阿西夫
  17. Flegg,Mark B.;Heland,斯特凡;ErBAN,RaDek:微观和介观反应扩散模拟耦合方法的收敛性(2015)
  18. MeNeCek,丽娜:通过第一次退出时间的随机扩散模拟(2015)
  19. 萨克森,S. A.:随机反应扩散系统双分子反应模型的比较(2014)
  20. Erban,RADEK(ED),OthMe,Hans G.(ED):社论:生物反应-扩散过程随机建模的特殊问题(2014)