彩虹鱼 swMATH ID: 33131 软件作者： Almodaresi，Fatemeh；普拉珊·潘迪（Prashant Pandey）；罗伯·帕特罗 描述： 彩虹鱼：简洁的彩色de Bruijn图形表示。彩色德布鲁因图是德布鲁因图的一种变体，它将每条边（即（k）-mer）与一组颜色相关联，是计算生物学中越来越重要的组合结构。Iqbal等人【】证明了这种结构用于表示和组装基因组集合（群体）的实用性，并说明了如何使用它来准确检测遗传变异。Muggli等人[]引入了VARI，这是一种彩色de Bruijn图的表示，该图采用了de Bruiijn图拓扑的BOSS表示，并且与exttt{Cortex}相比在空间上实现了相当大的节省，尽管在速度上有所牺牲。VARI的内存效率表示允许为大型数据集构建和分析彩色deBruijn图，这超出了exttt{Cortex}的能力。在本文中，我们介绍了Rainbowfish，它是彩色de Bruijn图颜色信息的简洁表示，进一步减少了空间使用。我们的表示也使用BOSS来表示de Bruijn图，但基于等价关系分解颜色集，并利用这些颜色集分布中的固有偏度。Rainbowfish表示是基于颜色集的（0）阶熵进行压缩的，这可以显著减少存储每个边的相关信息所需的空间。实际上，Rainbowfish在空间上比VARI提高了20倍{https://github.com/COMBINE-lab/rainbowfish网站}. 主页： https://drops.dagstuhl.de/opus/volltexte/2017/7657/pdf/LIPIcs-WABI-2017-18.pdf 源代码： https://github.com/COMBINE-lab/rainbowfish网站 关键词： de Bruijn图；简洁的数据结构；排序和选择操作；着色de Bruijn图 相关软件： BWA公司；拆分MEM；SDSL公司；github；VARI公司；GATB公司；KMC公司 引用于： 2文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 彩虹鱼：简洁的彩色de Bruijn图形表示。 Zbl 1436.92008号阿莫达雷西，法特梅；普拉珊·潘迪；罗伯·帕特罗 2017 全部的 前5名6位作者引用 1 阿莫达雷西，法特梅 1 拉维尼亚·埃吉迪 1 Felipe A.Louza。 1 乔瓦尼·曼齐尼 1 潘迪，普拉尚特·库马尔 1 罗伯·帕特罗 连载1篇 1 算法 在3个字段中引用 1 组合数学（05-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文