生物工作台 swMATH ID: 41454 软件作者： 玛丽亚·路易莎·蒙德利、蒂亚戈·马加莱斯、吉尔赫梅·洛斯、迈克尔·王尔德、伊恩·福斯特、玛塔·马托佐、丹尼尔·卡茨、赫利奥·J.C.巴博萨、安娜·特雷扎·R·瓦斯康塞洛斯、卡里·奥卡尼亚、小路易斯·加德哈 描述： 生物工作台：用于管理和分析生物信息学实验的高性能框架。测序技术的进步导致生物数据呈指数级增长，需要发展大规模生物信息学实验。由于这些实验是计算和数据密集型的，因此需要高性能计算（HPC）技术，并且可以从科学工作流管理系统（SWfMS）和数据库等专门技术中受益。在这项工作中，我们介绍了BioWorkbench，一个用于管理和分析生物信息学实验的框架。该框架自动收集来源数据，包括来自工作流执行的性能数据和来自工作流应用程序科学领域的数据。产地数据可以通过一个web应用程序进行分析，该应用程序将一组查询抽象到产地数据库，从而简化了对产地信息的访问。我们使用三个案例研究来评估BioWorkbench：SwiftPhylo，一种系统发育树组装工作流程；SwiftGECKO，比较基因组工作流程；和RASflow，一个RAS病理分析工作流。我们通过使用对来源和注释数据库的查询，从计算和科学领域的角度分析每个工作流。其中一些查询作为BioWorkbench web应用程序的预构建功能提供。通过来源数据，我们表明该框架具有可扩展性，并实现了高性能，最多可减少98个 主页： https://arxiv.org/abs/1801.03915 源代码： https://github.com/mmondelli/bioworkbench网站 关键词： 集群计算；arXiv_cs。直流；数据库；arXiv_cs。数据库；生物工作台；生物信息学；SWfMS软件；科学的工作流管理系统 相关软件： 塔维纳；码头工人；WEP公司；GATK公司；科学物理；RAxML公司；斯威夫特；阿帕奇火花；MAFFT公司；佩加索斯 引用于： 0个文档 标准条款 1出版物描述软件 年份 BioWorkbench：用于管理和分析生物信息学实验的高性能框架arXiv公司玛丽亚·路易莎·蒙德利、蒂亚戈·马加莱斯、吉尔赫梅·洛斯、迈克尔·王尔德、伊恩·福斯特、玛塔·马托佐、丹尼尔·卡茨、赫利奥·J.C.巴博萨、安娜·特雷扎·R·瓦斯康塞洛斯、卡里·奥卡尼亚、小路易斯·加德哈 2018