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乌西加奇

swMATH ID: 32598
软件作者: 谢福斋、乔安娜·加伊达、泰勒·F.W.·斯隆、安德烈·雷尔斯、杰森·汀·春秋、艾米·秦·沈
描述: Usiigaci:通过机器学习实现的无染色相差显微镜中的实例感知细胞跟踪。无染色、单细胞分割和追踪无异于显微镜下细胞迁移分析的圣杯。众所周知,高密度细胞的相位对比显微镜(PCM)图像很难准确分割;因此,手动分割仍然是事实上的标准做法。在这项工作中,我们引入了Usiigaci,这是一种一体式的半自动化管道,用于分割、跟踪和可视化PCM中的细胞运动和形态变化。使用掩码区域卷积神经网络(mask R-CNN)实现无污渍实例软件分割。开发了一种基于Trackpy的具有图形用户界面的细胞跟踪器,用于细胞跟踪和数据验证。通过NIH/3T3成纤维细胞的趋电性验证Usiigaci的性能。Usiigaci为定量细胞迁移分析提供了高度准确的细胞运动和形态学信息。
主页: https://www.sciencedirect.com/science/article/pi/S2352711018301882
源代码:  https://github.com/oist/Usiigaci网站
关键词: 相位对比显微镜;实例软件分割;机器学习;卷积神经网络;无染色细胞追踪;单细胞迁移;软件X
相关软件: PyQt公司;Seaborn公司;材料图库;scikit-图像;FogBank银行;CUDA公司;科学Py;熊猫;Trackpy公司;PyQtGraph(PyQt图表);蟒蛇;喀拉拉邦;TensorFlow公司;MS-COCO公司
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标准条款

1出版物描述软件 年份
Usiigaci:通过机器学习实现无染色相差显微镜中的实例软件细胞跟踪链接
谢福斋、乔安娜·加伊达、泰勒·F.W.·斯隆、安德烈·雷尔斯、杰森·汀·春秋、艾米·秦·沈
2019