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AntMap(AntMap)

swMATH ID: 20321
软件作者: 岩手H,Ninomiya S
说明: AntMap:使用蚁群优化算法构建遗传连锁图的软件。基因座排序是基因组作图中的一个重要步骤。当位点数目较多时,很难确定最佳顺序。搜索最优订单的问题被认为是旅行商问题(TSP)的一个特例。近年来,蚁群优化算法(ACO)被成功地应用于求解TSP问题,它是一种受真实蚁群行为启发的方法。在这样的背景下,我们开发了一个基于ACO的基因座排序新系统。我们使用模拟分离群体对该系统进行了测试,发现它对于连锁映射非常有效。为了使我们新开发的系统商品化,我们开发了一个名为AntMap的软件,用于通过该系统构建链接图。AntMap执行分离测试、连锁分组和位点排序,并快速几乎自动地构建连锁图。借助于该软件,研究人员可以节省时间和劳动,并可以获得由bootstrap值表示可靠性的连锁图。
主页: http://lbm.ab.a.u-tokyo.ac.jp/~i数据/antmap/
相关软件: R(右);ICI映射;一幅地图;地图制作者;连接映射;Lep-MAP公司;qtl;ASMap(美国地图);CRAN(起重机)
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