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软件作者：（例如：马克·史密斯、安东·梅尔）

软件简介： <trans data-src="AlignNemo: A Local Network Alignment Method to Integrate Homology and Topology. ">AlignNemo：一种结合同调和拓扑的局部网络对齐方法。</trans><trans data-src="Local network alignment is an important component of the analysis of protein-protein interaction networks that may lead to the identification of evolutionary related complexes. ">局部网络比对是蛋白质相互作用网络分析的一个重要组成部分，它有助于识别进化相关复合物。</trans><trans data-src="We present AlignNemo, a new algorithm that, given the networks of two organisms, uncovers subnetworks of proteins that relate in biological function and topology of interactions. ">我们提出了一种新的算法AlignNemo，它在给定两个生物体的网络的情况下，揭示与生物功能和相互作用拓扑相关的蛋白质子网络。</trans><trans data-src="The discovered conserved subnetworks have a general topology and need not to correspond to specific interaction patterns, so that they more closely fit the models of functional complexes proposed in the literature. ">所发现的保守子网络具有一般的拓扑结构，不需要对应于特定的相互作用模式，因此它们更接近于文献中提出的功能复合体模型。</trans><trans data-src="The algorithm is able to handle sparse interaction data with an expansion process that at each step explores the local topology of the networks beyond the proteins directly interacting with the current solution. ">该算法能够处理稀疏的相互作用数据，每一步都可以探索与当前解决方案直接相互作用的蛋白质之外的网络的局部拓扑结构。</trans><trans data-src="To assess the performance of AlignNemo, we ran a series of benchmarks using statistical measures as well as biological knowledge. ">为了评估AlignNemo的性能，我们使用统计方法和生物学知识运行了一系列基准测试。</trans><trans data-src="Based on reference datasets of protein complexes, AlignNemo shows better performance than other methods in terms of both precision and recall. ">基于蛋白质复合物的参考数据集，AlignNemo在精确度和召回率方面均优于其他方法。</trans><trans data-src="We show our solutions to be biologically sound using the concept of semantic similarity applied to Gene Ontology vocabularies. ">我们将语义相似性的概念应用于基因本体词汇表，以证明我们的解决方案在生物学上是正确的。</trans><trans data-src="The binaries of AlignNemo and supplementary details about the algorithms and the experiments are available at: sourceforge.net/p/alignnemo.">AlignNemo的二进制文件以及有关算法和实验的补充详细信息，请访问：sourceforge.net/p/AlignNemo。</trans>

引用描述软件的已发表文章：
（例如，对于GAP：“GAP 4型系统组织代数算法”，Zbl 0918.68050）

描述软件的关键词：（例如：格氏基、有限元法、偏微分方程等）

适用领域：（如：教育、金融、工程等）

对其他软件的依赖性：（例如：Maple、Matlab等）

当前版本：（例如：1.2）

许可条款：（例如：GPL、商业等）

编程语言：（如：Java、C++、Python等）

操作系统：（例如：Linux、Windows XP等）

接口：（例如：Gnuplot export、C library等）

评论： <trans data-src="Update software AlignNemo: http://swmath.org/software/34159">更新软件AlignNemo:http://swmath.org/software/34159</trans>

软件对象标识符（DOI）：

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