AL2CO公司 swMATH ID: 35905 软件作者： 裴，J。；北格里申。 说明： AL2CO：蛋白质序列比对中位置守恒的计算。结果：我们开发了一个程序，使用多种方法计算多序列比对中每个位置的守恒指数。即，估计每个位置的氨基酸频率，并根据这些频率计算保守性指数。我们使用未加权频率和使用两种不同策略加权的频率。算法中实现了三种概念上不同的方法（基于熵、基于方差和基于矩阵记分）来定义守恒指数。从SMART数据库中计算284条路线中35522个位置的保护指数，我们证明不同的方法会产生高度相关（相关系数大于0.85）的保护指数。守恒指数显示顺序相邻位置i和i+j之间具有统计显著相关性, 其中j<13, 三个位置窗口上的索引平均值是motif检测的最佳选择。具有间隙的位置显示出较低的保守性。我们比较了SMART线形或FSSP结构线形和ClustalW线形的守恒特性。结果表明，保护指数应该是路线质量评估的一个有价值的工具，并且可以用作多条路线优化的目标函数。 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/17/8/700/234805 相关软件： TMB专业;AA索引;MPRAP公司;ClustalW公司;R（右）;氢气;里昂;BLAT（爆炸）;拉根;法国皇家医学会 引用于： 2文件 全部的 前5名被6位作者引用 1 窦永超 1 西坎德·哈亚特 1 沃尔克哈德·赫尔姆斯 1 公园，永基 1 王军 1 郑晓琦 2篇连载文章中引用 1 计算生物学和化学 1 理论生物学杂志 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文