阿尔弗雷德 swMATH ID: 22013 软件作者: Thankachan,S。;Chockalingam,S.P.公司。;刘,Y。;Apostolico,A。;阿鲁鲁,S。 描述: ALFRED:一种实用的无对准距离计算方法。无对齐方法在许多序列分析应用中获得了持久的兴趣,例如系统发育推断和宏基因组分类/聚类,特别是对于大规模序列数据集。除了广泛使用的k-mer方法外,平均公共子串(ACS)方法已成为众所周知的无对齐方法之一。最近的两项工作分别依赖于近似(线性时间)和精确计算,通过在公共子串中允许有界数量k的失配,进一步推广了ACS方法。尽管具有良好的最坏情况时间复杂性[公式:见正文],但准确的方法很复杂,在实践中不太可能有效。在此,我们提出了一种无对齐距离计算方法ALFRED,它通过精确计算解决了广义公共子串搜索问题。与理论方法相比,我们的算法更容易实现,也更实用,同时仍能提供极具竞争力的理论性能,预计运行时间为[公式:见正文]。通过将我们的程序应用于系统发育推断的案例研究,我们发现我们的程序有助于以合理可接受的速度准确重建一组27个灵长类线粒体基因组的参考系统发育树拓扑。ALFRED是用C++编程语言实现的,源代码可以在线免费获得。 主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27138275 相关软件: 香皂;布瓦;蝴蝶结2;火花;火花开关;FASTdoop公司;CVTree3公司;云物理;Hadoop公司;菲利普 引用于: 3文件 全部的 前5名15位作者引用 1 Chaitanya阿鲁鲁 1 斯里尼瓦斯·阿鲁鲁 1 帕纳吉奥蒂斯·查拉兰波普洛斯 1 斯里拉姆·乔卡林加姆(Sriram P.Chockalingam)。 1 马克西姆·克罗西莫尔 1 翁贝托·费拉罗·佩蒂略 1 圭拉,康塞蒂娜 1 Iliopoulos,Costas S。 1 托马斯·科齐马卡 1 Pissis,Solon P。 1 辛齐亚·皮齐 1 雅库布·拉多舍夫斯基 1 沃伊切赫·莱特 1 夏尔马五世(Sharma V.Thankachan)。 1 托马斯·瓦伦 连载1篇 1 理论计算机科学 在2个字段中引用 2 计算机科学(68至XX) 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 按年份列出的引文