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阿尔弗雷德

swMATH ID: 22013
软件作者: Thankachan,S。;Chockalingam,S.P.公司。;刘,Y。;Apostolico,A。;阿鲁鲁,S。
描述: ALFRED:一种实用的无对准距离计算方法。无对齐方法在许多序列分析应用中获得了持久的兴趣,例如系统发育推断和宏基因组分类/聚类,特别是对于大规模序列数据集。除了广泛使用的k-mer方法外,平均公共子串(ACS)方法已成为众所周知的无对齐方法之一。最近的两项工作分别依赖于近似(线性时间)和精确计算,通过在公共子串中允许有界数量k的失配,进一步推广了ACS方法。尽管具有良好的最坏情况时间复杂性[公式:见正文],但准确的方法很复杂,在实践中不太可能有效。在此,我们提出了一种无对齐距离计算方法ALFRED,它通过精确计算解决了广义公共子串搜索问题。与理论方法相比,我们的算法更容易实现,也更实用,同时仍能提供极具竞争力的理论性能,预计运行时间为[公式:见正文]。通过将我们的程序应用于系统发育推断的案例研究,我们发现我们的程序有助于以合理可接受的速度准确重建一组27个灵长类线粒体基因组的参考系统发育树拓扑。ALFRED是用C++编程语言实现的,源代码可以在线免费获得。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27138275
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引用于: 3文件

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