LS-VISM（LS-VISM） swMATH ID: 16158 软件作者： Zhou，S.、Cheng，L.、Sun，H.、Che，J.、Dzubiella，J.，Li，B.、McCammon，J.A。 说明： LS-VISM：用于分析生物分子溶剂化的软件包。我们介绍了一个用于分析生物分子溶剂化的软件包。该软件包收集了实现变分隐式求解模型（VISM）数值方法的计算机代码。该软件包的输入包括所考虑生物分子的原子数据和宏观参数，如溶质-溶剂表面张力、体积溶剂密度和离子浓度以及介电系数。输出包括估计的溶剂化自由能和最佳宏观溶质-溶剂界面，这是通过最小化包围溶质原子的所有可能溶质-溶液界面之间的VISM溶剂化自由能量泛函而获得的。我们用各种静电学的描述来回顾VISM。我们还回顾了我们的数值方法，主要包括松弛VISM自由能泛函的水平集方法和介电Poisson–Boltzmann方程的紧耦合界面方法。这些数值方法和算法构成了软件包的核心模块。我们详细介绍了包的结构、输入和输出文件的格式、代码的工作流程以及输出数据的后处理。我们在主客体系统上的演示应用程序演示了如何使用该软件包对生物分子（包括配体-受体结合系统）进行溶剂化分析。该软件包在最小可调参数和广泛应用方面简单灵活。包装使用的未来扩展可以包括有效识别蛋白质表面的配体结合囊。©2015威利期刊公司。 主页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25766844 相关软件： PETSc公司;炒作;BoomerAMG公司;XTROEM-FV公司;WIGEON公司;UTBEST3D公司;中央处理器;UMFPACK公司 引用于： 4文件 全部的 前5名被9位作者引用 三 Cheng，Li-Tien先生 三 李波 2 孙慧 2 周生高 1 郑小兵 1 刘爽 1 大卫·K·摩尔。 1 舒志旺 1 张子瑞 2篇连载文章中引用 三 计算物理杂志 1 科学计算杂志 全部的 前5名在7个字段中引用 4 数值分析（65-XX） 2 流体力学（76-XX） 1 偏微分方程（35-XX） 1 光学、电磁理论（78-XX） 1 量子理论（81-XX） 1 统计力学，物质结构（82-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文