叶绿素 swMATH ID: 19813 软件作者： Michael D.Karcher、Julia A.Palacios、Shiwei Lan、Vladimir N.Minin 描述： phylodyn：用于phylodDynamic模拟和推断的R包。我们介绍了基于基因系谱的门动力学分析的R包。该软件包的主要功能是对随时间变化的有效人口规模波动进行贝叶斯非参数估计。我们的实现包括近年来开发的几种基于马尔可夫链蒙特卡罗的方法和一种用于系统动力学推断的集成嵌套拉普拉斯近似方法。家谱数据描述了从感兴趣的人群中取样的个体的时间祖先关系。这里，假设在同一时间点（等时采样）或不同时间点（异时采样）对个体进行采样；此外，采样事件可以通过优先采样进行建模，这意味着采样事件的强度可以取决于有效的种群规模轨迹。我们假设并合过程和顺序马尔可夫并合过程是谱系的生成模型。我们包括几个合并模拟函数，这些函数有助于通过模拟研究测试我们的风动力学方法。我们比较了在叶绿素中实现的各种方法的性能和输出，并概述了它们的优缺点。R产品包氯氰菊酯可在https://github.com/mdkarcher/phylodyn网站 主页： https://github.com/mdkarcher/phylodyn网站 源代码： https://github.com/mdkarcher/phylodyn网站 依赖项： 对 相关软件： 猿;阿达普里;下一个菌株;野兽;聚结分子筛;边界聚合;烟雾探测器;SimPhy公司;卢比;对;GMRF库;斯坦;BEAGLE公司;探戈 引用于： 5文件 全部的 前5名12位作者引用 2 洛伦佐·卡佩略 2 朱莉娅·帕拉西奥斯（Julia A.Palacios）。 1 杰克·卡森 1 哈维尔·迪德洛 1 卢卡·费雷蒂 1 阿斯格·霍博尔特 1 Kim，Jaehee H。 1 爱丽丝·莱达 1 刘思凡 1 克里斯·V·帕拉格。 1 奥利弗·皮布斯（Oliver G.Pybus）。 1 贝里特·林德姆·沃尔特福特 引用于4个系列 2 理论生物学杂志 1 统计科学 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算与图形统计杂志 在2个字段中引用 4 统计学（62-XX） 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文