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MEDIPS公司

swMATH ID: 17294
软件作者: Lienhard M、Grimm C、Morkel M、Herwig R、Chavez L
描述: MEDIPS:对来自DNA富集实验的测序数据进行全基因组差异覆盖分析。动机:DNA富集后测序是分子生物学中的一种通用工具,具有广泛的应用,包括表观遗传学标记和机制的全基因组分析。这些不同应用程序的一个共同要求是比较不同实验条件下的读取覆盖率。用于表观基因组关联研究的每种条件下,此类比较产生的样本数量从很少重复到数百个不等。因此,迫切需要能够快速、简单地处理和比较来自富集DNA的测序数据的软件。结果:在这里,我们对R/生物导体包MEDIPS进行了重大更新,它允许每组任意数量的重复,并集成了复杂的统计方法来检测实验条件之间的差异覆盖率。我们的方法可以应用于多种定量测序数据。此外,我们的更新为MEDIPS添加了新功能,包括样本之间的相关性分析,并利用Bioconductor的注释数据库促进特定基因组区域的注释。可用性和实施:MEDIPS的最新版本为1.12.0版,是Bioconductor 2.13的一部分。该软件包附带一份手册,其中包含对其功能的详细描述,可在http://www.bioconductor.org。
主页: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/2/284.short
相关软件: 功能计数;BED工具;快速质量控制;香皂;STAR公司;R(右);MMDiff(最大差值);支票;g剖面仪;网络格式塔;Samtools公司;事实矿工;联邦快递;烤面包;银河;R子阅读;重新计票;正确;基因组图;轨道司机
引用于: 2文件

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