生物技术研究所 swMATH ID: 8301 软件作者： Hoa Sien Cuong；奥利维尔·加斯库埃尔（Olivier Gascuel）；文森特·勒福特 描述： BIONJ：基于简单序列数据模型的NJ算法的改进版本。我们提出了Saitou和Nei的邻域连接（NJ）算法的改进版本。这种新算法BIONJ遵循与NJ相同的聚合方案，它包括迭代地选取一对分类单元，创建表示这些分类单元簇的新模式，并通过用该节点替换两个分类单元来减少距离矩阵。此外，BIONJ使用进化距离估计的方差和协方差的简单一阶模型。当这些估计是从对齐序列中获得时，该模型很适合。在每个步骤中，它允许从可接受约简类中选择约简，以最小化新距离矩阵的方差。这样，我们可以获得更好的估计值，以选择在接下来的步骤中要聚集的分类群对。此外，与NJ的估计相比，随着算法的推进，这些估计变得越来越好。BIONJ保留了NJ的优良特性，尤其是其低运行时间。使用12个分类单元模型树进行了计算机模拟，以确定BIONJ的效率。当代换率较低（最大两两差异约为0.1个位点的代换）或世系间代换率不变时，BIONJ仅略优于NJ。当代换率较高且不同谱系之间存在差异时，BIONJ显然具有更好的拓扑准确性。在后一种情况下，对于测试的模型树和进化条件，拓扑错误减少平均约为20(http://mbe.oxfordjournals.org/content/14/7/685.short（短）) 主页： http://www.atgc-montpellier.fr/bionj/ 依赖项： R；猿 相关软件： 菲利普;快速脱氧核糖核酸ml;贝叶斯先生;Seq-Gen公司;PAUP公司*;肌肉;MEGA公司;接收-I-DCM3;国际GTP;快速树;RAxML公司;拆分树;猿;对;MAFFT公司;FastMe公司;NINJA公司;四重奏MaxCut;DACTAL公司;巴克 引用于： 32文件 全部的 前5名80位作者引用 4 奥利维尔·加斯库埃尔 三 Tandy J.沃诺。 2 马格努斯伯德威奇 2 丹尼尔·卡坦扎罗 2 阿兰·盖诺奇 2 布鲁诺·勒克莱尔 2 丹·利维 2 利奥·Pachter 1 Jean-Baptiste Angelleli 1 安娜·博多 1 文森特·贝里 1 朱利叶斯·布斯 1 弗雷德里克·布兰热 1 巴西，Marcus N。 1 克莉丝汀·布伦 1 吉尔·卡拉克斯 1 塞德里克·乔夫 1 列奥尼德·钦德列维奇 1 Rudi L.Cilibrasi。 1 Damti，亚尼尔 1 露丝·戴维森 1 理查德·德斯珀 1 伊丽莎白·德雷利奇 1 杜志华 1 佩德罗·费约 1 Chris M.菲尔德。 1 马丁·弗洛恩 1 安德鲁·盖恩·杜瓦（Andrew Gainer-Dewar） 1 沃尔特·吉尔克斯。 1 里卡多·格劳 1 宜兰格罗瑙 1 斯特凡·格鲁纽瓦尔德 1 海瑟·A·哈灵顿。 1 何启军 1 克里斯汀·海奇（Christine E.Heitsch）。 1 侯靖宇 1 小威廉 1 都铎·B·伊奥内斯库。 1 彼得·贾维斯。 1 莫森·卡特比 1 乔纳森·基思。 1 拉西恩 1 图层，标记 1 林，冯 1 彼得罗·利奥 1 弗拉基米尔·马卡伦科夫 1 梅赫达·曼苏里 1 拉杜·米哈埃斯库 1 Reza Miraskarshahi 1 什洛莫·莫兰 1 伯纳德·莫雷特（Bernard M.E.Moret）。 1 文森特·莫尔顿。 1 马修·阮 1 尼尔森，Benny K。 1 汤姆·M·W·奈。 1 伊曼纽尔·帕拉迪斯 1 拉斐尔·佩塞蒂 1 波莱隆、盖拉尔丁 1 斯维特拉纳·波兹纳诺维奇 1 约翰·安东尼·罗德斯 1 乌斯曼·W·罗珊。 1 约瑟夫·鲁辛科 1 阿什什·赛尼 1 罗伯西·桑切斯 1 查尔斯·森普尔 1 安德烈亚斯·斯皮尔纳 1 迈克尔·安东尼·斯蒂尔 1 杰里米·萨姆纳。 1 斯威顿，亚历克斯 1 唐继军 1 多琳·安妮·托马斯 1 尼汉·托卡克 1 佐伊·弗农 1 保罗·M·B·维坦伊（Paul M.B.Vitányi）。 1 冬季，巴维尔 1 Johnathan Wong先生 1 克里斯蒂安·沃尔夫·尼尔森 1 Xi、Jing 1 伊拉德·雅夫涅 1 马丁·扎卡里亚森 全部的 前5名20篇连载文章中引用 2 离散应用数学 2 数学生物学杂志 2 数学生物科学 2 网络 2 分类杂志 2 算法 1 加拿大统计杂志 1 数学生物学通报 1 应用数学进展 1 计算机与运筹学 1 模式识别 1 计算统计与数据分析 1 RAIRO公司。运筹学 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算生物学和化学 1 数据分析和分类进展。ADAC公司 1 计算生物学 1 理论生物学杂志 1 使用R！ 1 分子生物学方法 全部的 前5名11个领域引用 24 生物学和其他自然科学（92-XX） 12 组合数学（05-XX） 9 统计学（62-XX） 6 计算机科学（68至XX） 4 数值分析（65-XX） 4 运筹学、数学规划（90-XX） 2 总体主题；集合（00-XX） 2 概率论与随机过程（60-XX） 1 场论和多项式（12-XX） 1 功能分析（46倍X倍） 1 几何图形（51至XX） 按年份列出的引文