SHRiMP公司 swMATH ID: 17146 软件作者: 隆布尔SM、拉克鲁特P、Dalca AV、Fiume M、Sidow A、Brudno M 描述: SHRiMP:精确映射短颜色空间读数。下一代测序技术的发展,能够在一次运行中测序数亿个短阅读(每个25-70 bp),为非模式物种的种群基因组研究打开了大门。在本文中,我们介绍了SHRiMP—SHort读取映射包:一组算法和方法,用于将短读取映射到基因组,即使存在大量多态性。我们的方法基于快速读取映射技术,将常规字母空间和AB SOLiD(颜色空间)读取的彻底对齐方法分开,以及假阳性点击的统计模型。我们使用SHRiMP将新测序的Ciona savignyi个体的读数映射到参考基因组。我们证明,SHRiMP可以准确地将读取结果映射到这个高度多态的基因组,同时确认第二个个体中的萨维尼梭菌具有高度杂合性。SHRiMP免费提供http://compbio.cs.toronto.edu/shrimp。 主页: http://compbio.cs.toronto.edu/shrimp/ 相关软件: 图案猎人;香皂;布瓦;英国广播公司;BLAT(爆炸);缩放;天鹅绒;PatMaN公司;CUSHAW公司;蝴蝶结2;深渊;SOAPdenovo公司;BS搜索器;BSMAP公司;STAR公司;克拉克;转速;MetaProbe公司;SeqMap(序列图);KEGG公司 引用于: 10文件 标准条款 1出版物描述软件 年份 虾2:敏感但实用的短读图David,Matei;米斯科·扎姆巴;Dan Lister;露西恩·伊利;迈克尔·布鲁德诺 2011 全部的 前5名19位作者引用 3 乔瓦尼·曼齐尼 2 马特奥·科明 2 拉维尼亚·埃吉迪 2 萨缪尔·吉洛托 2 辛齐亚·皮齐 1 阿兰塞(Ana M.Aransay)。 1 崔维斯·盖吉 1 玛尔塔·哥尔达 1 迈克尔·哈肯伯格 1 格雷戈里·库切洛夫 1 林,吉米 1 刘永超 1 不,洛朗 1 埃内斯托·皮卡迪 1 罗德里格斯-埃兹佩列塔,奈亚拉 1 贝蒂尔·施密特 1 沈,卡罗尔 1 沈,托尼 1 丹尼尔·瓦伦苏埃拉 4篇连载文章中引用 2 理论计算机科学 1 计算机与系统科学杂志 1 计算机科学中的数学 1 分子生物学方法 在5个字段中引用 7 生物学和其他自然科学(92-XX) 5 计算机科学(68至XX) 2 总体主题;集合(00-XX) 1 组合数学(05-XX) 1 数论(11-XX) 按年份列出的引文