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SHRiMP公司

swMATH ID: 17146
软件作者: 隆布尔SM、拉克鲁特P、Dalca AV、Fiume M、Sidow A、Brudno M
描述: SHRiMP:精确映射短颜色空间读数。下一代测序技术的发展,能够在一次运行中测序数亿个短阅读(每个25-70 bp),为非模式物种的种群基因组研究打开了大门。在本文中,我们介绍了SHRiMP—SHort读取映射包:一组算法和方法,用于将短读取映射到基因组,即使存在大量多态性。我们的方法基于快速读取映射技术,将常规字母空间和AB SOLiD(颜色空间)读取的彻底对齐方法分开,以及假阳性点击的统计模型。我们使用SHRiMP将新测序的Ciona savignyi个体的读数映射到参考基因组。我们证明,SHRiMP可以准确地将读取结果映射到这个高度多态的基因组,同时确认第二个个体中的萨维尼梭菌具有高度杂合性。SHRiMP免费提供http://compbio.cs.toronto.edu/shrimp。
主页: http://compbio.cs.toronto.edu/shrimp/
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引用于: 10文件

标准条款

1出版物描述软件 年份
虾2:敏感但实用的短读图
David,Matei;米斯科·扎姆巴;Dan Lister;露西恩·伊利;迈克尔·布鲁德诺
2011

按年份列出的引文