VanillaICE公司 swMATH ID: 11310 软件作者： 罗伯特·沙尔普夫（Robert Scharpf）；凯文·沙尔普夫（Kevin Scharpf）；英戈·鲁钦斯基 描述： VanillaICE公司。高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型。生物导体。用于表征高通量SNP阵列中染色体改变的隐马尔可夫模型。背景(http://www.biostat.jhsph.edu/iruczins/software/vanillaice.html）：高密度单核苷酸多态性微阵列（SNP芯片）提供关于受试者基因组的信息，例如染色体拷贝数和基因型（杂合性/纯合性）。与荧光原位杂交和核型分析相比，SNP芯片提供了人类基因组的高分辨率图谱，可用于检测微缺失、微复制和杂合性丢失等。由于各种疾病都与这种染色体改变有关，SNP芯片通过帮助发现这些区域，为这些疾病提供了新的见解，并可能提出干预目标。R软件包VanillaICE包含用于在基因组阵列数据上拟合隐马尔可夫模型的软件，以推断染色体改变，包括缺失、扩增和杂合性缺失区域。此外，可以纳入基因型和拷贝数估计的不确定性度量，这对于检测微缺失和微扩增至关重要 主页： http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/VanillaICE.html 依赖项： R（右） 相关软件： R（右）；PennCNV公司；BRLMM公司；晶格；缓存Sweave；通用过滤器；寡头类；ff（关闭）；雪；DNA副本；I范围；生物导体；crlmm公司；HaploRec公司；HAPLO公司；CARAT公司；血浆；dChipSNP芯片；SNP芯片；寡聚物 引用于： 2文件 全部的 前5名8位作者引用 1 肯尼思·兰格。 1 罗尔·奥普霍夫 1 乔瓦尼·帕尔米吉亚尼 1 乔纳森·佩夫斯纳 1 英戈·鲁钦斯基 1 恰拉·萨巴蒂 1 罗伯特·B·沙尔夫。 1 张忠阳 连载1篇 2 应用统计学年鉴 在3个字段中引用 2 统计学（62-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文