RNAExp编号 swMATH ID: 23799 软件作者： 彼得·克洛特（Peter Clote）；阿米尔·巴耶根。 描述： 使用蒙特卡罗和吉莱斯皮算法的RNA折叠动力学。众所周知，RNA二级结构折叠动力学对于某些过程的生物功能很重要，例如大肠杆菌中的hok/sok系统。虽然线性代数为微小（≈20 nt）RNA序列的特纳能量模型提供了二级结构折叠动力学的精确计算解，但较大序列的折叠动力学只能通过在粗粒度模型中将结构装箱为宏观状态来近似，或者通过用蒙特卡罗算法或吉莱斯皮算法重复模拟二次结构折叠。在这里，我们研究了蒙特卡罗算法和Gillespie算法之间的关系。我们证明了渐近地，蒙特卡罗算法的K步轨迹的期望时间等于Gillespie算法的期望时间的〈N〉倍，其中\9001]N \9002]表示Boltzmann期望网络度。如果网络是规则的（即每个节点都有相同的度），则蒙特卡罗算法计算的平均首次通过时间（MFPT）等于Gillespie算法计算的MFPT乘以？N；然而，对于非规则网络，情况并非如此。特别是，尽管平均首次通过时间大致相关，但蒙特卡罗算法计算的RNA二级结构折叠动力学并不等于Gillespie算法计算的折叠动力学。根据Monte Carlo和Gillespie算法的RNA二级结构折叠模拟软件是公开的，我们的软件用于计算给定RNA序列的二级结构网络的预期程度-参见http://bioinformatics.bc.edu/clote/RNAexpNumNbors。 主页： http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/RNAexpNumNbors 关键词： RNA二级结构；平均首次通过时间；复性动力学；metropolis算法；Gillespie算法平均重现时间；预期网络度 相关软件： NNDB公司；维也纳RNA；MODENA（莫德纳）；FFTbor公司；MSBuilder（MSBuilder）；ERD公司；KFOLD公司；FFT或2D；法国皇家医学会 引用于： 1文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 使用蒙特卡罗和Gillespie算法的RNA折叠动力学。 Zbl 1392.92066号彼得·克洛特；阿米尔·巴耶根。 2018 2位作者引用 1 阿米尔·巴耶根。 1 彼得·克洛特（Peter G.Clote）。 连载1篇 1 数学生物学杂志 在4个字段中引用 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文