×

托瓦兹

swMATH ID: 45274
软件作者: Hyukpyo Hong;埃尔南德斯(Bryan S.Hernandez)。;金素(Kim,Jinsu);金在京
描述: 计算翻译框架确定具有特殊拓扑结构的生化反应网络及其长期动力学。生物化学系统的长期行为在确定性模型中用稳态描述,在随机模型中用平稳分布描述。获得它们的解析解可以在有限的情况下完成,例如线性或有限状态系统,因为它通常需要求解许多耦合方程。有趣的是,当底层网络具有特殊拓扑结构(称为弱可逆性(WR)和零缺陷(ZD))时,可以很容易地获得解析解,并且动力学定律遵循质量作用动力学的广义形式。然而,这种理想的拓扑条件在大多数情况下都不成立。因此,提出了将网络转换为具有WR和ZD,同时保持原始动态的方法。然而,这种方法是有限的,因为在大量候选中手动获得所需的网络翻译是一项挑战。在这里,我们证明了翻译后具有WR和ZD的必要条件,并基于这些条件,我们开发了一个用户友好的计算软件包TOWARDZ,它可以自动高效地识别带有WR和Z D的翻译网络。这使我们能够定量地检查翻译后根据物种数量和反应获得WR和ZD的可能性。重要的是,我们还描述了我们的软件包如何用于分析推导确定性模型的稳态和随机模型的平稳分布。TOWARDZ为分析生化系统提供了一种有效的工具。
主页: https://arxiv.org/abs/2212.01171
关键词: 随机反应网络;确定性反应网络;网络翻译;平稳分布;稳态;连续时间马尔可夫链;不可还原性
相关软件:
引用于: 2文件

2篇连载文章中引用

1 SIAM应用数学杂志
1 数学化学杂志

按年份列出的引文