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DWE公司

swMATH ID: 29590
软件作者: Sumazin P、Chen G、Hata N、Smith AD、Zhang T和Zhang MQ
描述: DWE:识别词枚举器。动机:组织特异性转录因子结合位点可以深入了解组织特异性的转录调控。结果:我们描述了一种基于单词连接性的工具,用于利用表达信息和序列信息进行组织特异性转录因子结合位点的从头发现。我们通过基因分类将组织特异性基因表达纳入阳性表达和抑制表达。我们提出了一种直接的统计方法,用以在前景启动子序列集和背景启动子序列集中找到过度表达的转录因子结合位点。我们的方法自然扩展到协同转录因子结合位点搜索。我们发现,与肝脏非依赖性基因的近端启动子相比,假定的转录因子结合位点在肝脏特异性基因的近端启动子中过度表达。我们的结果表明,肝细胞核因子(尤其是HNF-1和HNF-4)和CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBPβ)的结合位点在肝脏特异性基因的近端启动子中最为高表达。我们的结果表明,HNF-4与HNF-1、HNF-4和HNF-3β以及C/EBPβ有很强的协同关系。可用性:程序可通过Web使用,网址为http://rulai.cshl.edu/tools/dwe
主页: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/21/1/31/212615
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引用于: 3文件

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