iGLASS系统 swMATH编号： 29611 软件作者： Jewett，E.，罗森博格，N.A。 描述： iGLASS：对GLASS方法的改进，用于从基因树估计物种树。考虑到基因树/物种树的不一致性，设计了几种方法从基因树推断物种树。尽管其中一些方法在标准模型下提供了一致的物种树拓扑估计，但大多数方法要么不估计分支长度，要么计算速度较慢。一个例外是，莫塞尔和罗奇的GLASS方法对于物种树拓扑是一致的，可以估计分支长度，并且计算速度很快。然而，GLASS系统性地高估了发散时间，导致对树种树枝长度的估计有偏差。通过假设一个多物种合并模型，在该模型中，从两个分类群中的每一个分类群的L独立位点上采样多个谱系，我们考虑所有位点并从发散时间测量，导出了在两个分类系之间发生第一次种间合并之前等待时间的分布。然后，我们使用此分布的平均值导出对两两发散时间的GLASS估计的修正。我们证明了我们改进的估计器（我们称之为iGLASS）在基因座数量接近无穷大时一致地估计一对分类群之间的发散时间，并且当每个分类群采样一个谱系时，它是发散时间的无偏估计器。我们还表明，许多常用的聚类方法可以与两两发散时间的iGLASS估计相结合，以生成物种树拓扑的一致估计。通过仿真，我们表明iGLASS可以大大减少物种树中散度时间估计值的偏差和均方误差。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3298679/ 相关软件： 生物技术研究所;菲利普;三重MaxCut;气体;ProCAR项目;角度;NINJA公司;SVD请求;午睡;快速RFS;四重奏MaxCut;记录-I-DCM3;DACTAL公司;NJMerge公司;莫帕尔;ASTRID公司;巴克;姆特雷米克斯;HyDe公司;星熊2 引用于： 4文件 全部的 前5名6位作者引用 2 诺亚·A·罗森博格。 1 迈克尔·德乔治奥 1 伊桑·M·杰维特（Ethan M.Jewett）。 1 图层，标记 1 约翰·安东尼·罗德斯 1 Tandy J.沃诺。 引用于3个系列 2 理论种群生物学 1 数学生物学杂志 1 计算生物学 全部的 前5名在7个字段中引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 几何图形（51至XX） 1 统计学（62-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文