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sPuReMD公司

swMATH ID: 12865
软件作者: 阿图尔加、哈桑·梅廷;潘迪特,萨加尔·A。;Adri C.T.Van Duin。;阿南斯·格拉玛。
描述: 反应分子动力学:数值方法和算法技术。。本文介绍了sPuReMD(串行Purdue反应分子动力学程序)的实现细节,这是一个独特的反应性经典MD代码。我们描述了各种数据结构,以及模拟引擎核心的电荷平衡求解器。这个Krylov子空间解算器依赖于一个基于带阈值的不完全LU因式分解(ILUT)的预条件器,专门针对我们的应用程序。我们全面验证了sPuReMD在各种碳氢化合物系统上的性能和准确性。特别是,我们显示出良好的每一步时间、系统大小的线性时间缩放和低内存占用。sPuReMD是一个具有GPL的自由分布软件,目前正用于建模各种系统,从生物膜中的氧化应激到Si-Ge纳米棒中的应变弛豫。
主页: http://epubs.siam.org/doi/ref/10.1137/100808599
相关软件: 雷克斯FFPuReMD公司NAMD公司CUDA公司车灯Gromacs公司奥维托ILUT公司QHD泡沫MPI公司PSPIKE公司德斯蒙德
引用于: 5文件

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