汽车 swMATH ID: 34564 软件作者： 卢，C.L。；Chen，K.-T。；Huang，S.-Y。；邱，H.-T。 描述： CAR：利用重排继续组装原核草图基因组。背景：下一代测序技术已经允许为许多感兴趣的生物体高效地生产基因组草图。然而，大多数基因组草案只是独立重叠群的集合，其在测序基因组中的相对位置和方向是未知的。尽管已经开发了几种工具来对草图基因组的轮廓进行排序和定向，但仍需要更精确的工具。结果：在本研究中，我们提出了一种新的基于参考的连接组装（或支架）工具，命名为CAR，该工具可以根据相关生物体的参考基因组高效、准确地对原核草图基因组的连接进行排序和定向。给定一组多FASTA格式的contigs和一个FASTA形式的参考基因组，CAR可以输出一个支架列表，每个支架都是一组有序的定向contigs。为了验证，我们在由几个原核基因组组成的真实数据集上测试了CAR，并将其性能与其他几个基于参考的contig组装工具进行了比较。因此，我们的实验结果表明，CAR在灵敏度、精确度和基因组覆盖率方面确实优于所有其他基于参考的contig组装工具。结论：CAR是一种有效的工具，可以根据参考基因组对原核生物草图基因组的连接进行更准确的排序和定向。CAR的web服务器可在以下网站免费获得：http://genome.cs.nthu.edu.tw/CAR/它的独立程序也可以从同一个网站下载。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4253983/ 相关软件： 引用于： 1文件 由4位作者引用 1 陈坤泽 1 赵显泰 1 李奇龙 1 吕金龙 连载1篇 1 理论计算机科学 在2个字段中引用 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文