QNet公司 swMATH ID: 13845 软件作者： 巴努剂量；托默·什洛米（Tomer Shlomi）；尼廷·古普塔；伊坦·鲁宾；Vineet Bafna；罗德·沙兰 说明： QNet：查询蛋白质相互作用网络的工具。分子相互作用数据库可用于研究物种间分子途径的进化。查询此类路径是一个具有挑战性的计算问题，最近的工作仅限于简单查询（路径）或简单网络（森林）。在本文中，我们将可以有效查询的路径类显著扩展到树和有界树宽图的情况。我们的算法利用Alon等人的颜色编码技术，允许识别非行为（同胚）匹配。我们实现了一个名为QNet的树查询工具，并在模拟和实际网络数据上测试其检索属性。我们的研究表明，QNet在当前网络上搜索最多9个蛋白质的查询，并且性能优于基于序列的搜索。我们还使用QNet对已知酵母复合物与苍蝇蛋白相互作用网络进行查询，从而首次对蛋白质复合物进行大规模跨物种比较。这一比较表明两个物种之间具有很强的保守性，并强调了我们的工具在挖掘蛋白质相互作用网络中的重要性。 主页： http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-71681-5_1 相关软件： Q路径;MetaCyc公司;CPLEX公司;GO-TermFinder（搜索引擎）;SIMBio公司;GraMoFoNe公司;卡沃什;FANMOD公司;打开DMAP;NoFold公司;卡纳;记录仪;RNA集群;IgRepertoire构造函数;GraphClust（图形俱乐部）;RNA表面;Rnall公司;梅维;RNA链;格拉维斯托 引用于： 12文件 全部的 前5名27位作者引用 6 梅拉夫·泽哈维 4 哈达斯·沙奇奈 三 罗恩·耶尔·品特 2 马蒂亚斯·本特 2 安德烈·尼切特林 2 罗尔夫·尼德迈尔 2 雷内·范·贝文 1 埃洛伊州阿拉乌乔 1 福尔克·Hüffner 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 莲香 1 丹尼尔·洛克斯塔诺夫 1 马丁内斯，法比奥·维杜阿尼 1 普拉纳本德·米斯拉 1 法赫德·帕诺兰 1 迭戈·鲁伯特。 1 萨科特·索拉布 1 帕维尔·斯米尔诺夫。 1 马可·斯蒂芬斯。 1 Jens Stoye 1 王伟 1 塞巴斯蒂安·韦尼克 1 张华明 1 赵冬燕 1 郑伟国 1 托马斯·齐奇纳 1 邹磊 全部的 前5名7篇连载文章中引用 2 算法 2 离散算法杂志 1 信息科学 1 计算机与系统科学杂志 1 信息计算杂志 1 组合优化期刊 1 分子生物学方法 在5个字段中引用 9 计算机科学（68至XX） 8 组合数学（05-XX） 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文