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CompuCell3D

swMATH ID: 34248
软件作者： 波普·阿夫斯基（Popławski，Nikodem J.）。；阿巴斯·希里尼法德；马西耶·斯瓦特；詹姆斯·格雷泽（James A.Glazier）。
描述： 使用Glazier-Graner-Ho-ge-weg模型和CompuCell3D建模环境模拟单种细菌生物膜生长。CompuCell3D建模环境使用Glazier-Graner-Hogeweg（GGH）模型为生物膜模拟提供了一个方便的平台，GGH是一种面向细胞的框架，旨在模拟生物细胞的行为导致的生长和模式形成。我们展示了如何基于Picioreanu、van Loosdrecht和Heijnen（PLH）的混合（连续-离散）模型开发此类模拟，模拟单一物种细菌生物膜的生长，并研究细胞间和细胞场相互作用在确定生物膜形态中的作用。在我们的模拟中，通过将细胞视为空间延伸的可变形体、细胞之间的差异粘附以及它们对底物（营养物）的竞争来推广PLH模型，这足以产生指状不稳定性，从而产生生物膜的指状。我们的结果与PLH模型的大多数特征一致，尽管我们对细胞粘附的包容（使用其他建模方法很难实现）导致了略有不同的模式。因此，我们的模拟为医学和工业上重要的多物种生物膜的模拟奠定了基础。
主页： https://compucell3d.org网站
关键词： 生物膜；Glazier-Graner-Hogeweg模型；蜂窝Potts模型；细菌生长；计算生物学；CompuCell3D
相关软件： 物理细胞；贞洁；胚胎制造者；ParaView视图；CellSys公司；微血管Chaster；莫菲斯；虚拟叶；生物细胞；CellML手机；吉布斯特；MiniSom公司；github；Matlab公司；石匠；NetLogo公司；特里利诺斯；交易.ii；超级LU；Q船体
引用于： 25文件
更多出版物： https://compucell3d.org/出版物

标准条款

1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份
使用Glazier-Graner-Hogeweg模型和CompuCell3D建模环境模拟单种细菌生物膜生长。 Zbl 1161.92024号
波普·奥夫斯基（Nikodem J.Popławski）。；阿巴斯·希里尼法德；马西耶·斯瓦特；詹姆斯·格雷泽（James A.Glazier）。
2008
全部的 前5名

69位作者引用

三 詹姆斯·格雷泽（James A.Glazier）。
2 马克·S·阿尔伯。
2 牧师Mark A.J。
2 托马索·洛伦齐
2 斯图亚特·纽曼。
2 波普·奥夫斯基（Nikodem J.Popławski）。
2 Gibin G.波瓦提尔。
2 马可·西安娜
2 马西耶·斯瓦特
2 张永涛
1 乌比拉贾拉·阿格罗
1 拉谢尔，阿丽娜
1 亚历山大·安德森。
1 马丁·阿诺基
1 克洛伊·奥德伯特
1 格哈德·奥斯特
1 特蕾西·巴克斯。
1 陈，战
1 乔克韦尔，M。
1 Leah Edelstein-Keshet
1 J·加勒。
1 克里希纳·加里基帕蒂
1 加尔佐恩·阿尔瓦拉多（Garzón-Alvarado），迭戈·亚历山大（Diego Alexander）
1 杰斯·J·斯科特
1 蒂尔曼·格利姆
1 Hentschel，H.George E。
1 我是，哟
1 艾森曼，阿兰·朱利安
1 江，J。
1 莫希特·库马尔·乔利
1 Kaźmierczak、Bogdan
1 克努茨多蒂尔，希尔杜尔
1 拉塞尔·拉特曼
1 艾玛·莱斯奇拉
1 Jonathan F.李。
1 约翰·塞缪尔·洛温格鲁
1 莎朗·卢布金。
1 菲奥娜·麦克法兰。
1 G.J.马勒。
1 Marciniak-Czochra，Anna K。
1 史蒂文·马蒂斯（Steven A.Mattis）。
1 梅尔尼科夫。
1 莫里茨·默克
1 森田吉弘
1 布鲁斯·穆雷（Bruce T.Murray）。
1 尼提奥拉苏，佩鲁马尔
1 彼得·罗密欧·尼亚科
1 埃里库尔·帕尔森
1 格温·鲍利
1 路易吉·普雷齐奥西
1 艾米丽·赖利
1 Veli Pekka龙凯宁
1 乌拉·萨雷拉
1 弗兰茨·谢弗
1 沈，沈思
1 马里兰州喜来登。
1 阿巴斯·希里尼法德
1 伊利亚州斯科沃罗德金
1 Peter M.A.Sloot。
1 詹姆斯·斯卢卡（James P.Sluka）。
1 斯莫尔，斯蒂芬·A。
1 泡利·提卡
1 凯兰·托曼
1 塞波·瓦尼奥
1 Vanegas-Acosta，J.C.公司。
1 Voulgarakis，Nikolaos K。
1 James W.T.耶茨。
1 朱建峰
1 邹玉亭
全部的 前5名

9连载

8 理论生物学杂志
6 数学生物学通报
三 数学生物科学
三 数学生物科学与工程
1 数学生物学杂志
1 物理A
1 美国统计协会杂志
1 计算与应用数学
1 AIMS数学
全部的 前5名

在8个字段中引用

23 生物学和其他自然科学（92-XX）
4 偏微分方程（35-XX）
2 动力系统和遍历理论（37至XX）
2 数值分析（65-XX）
2 计算机科学（68至XX）
2 统计力学，物质结构（82-XX）
1 统计学（62-XX）
1 流体力学（76-XX）

按年份列出的引文