寡聚物 swMATH ID: 6102 软件作者： Benilton Carvalho、Rafael Irizarry、Ben Bolstad、Vincent Carey、Wolfgang Huber、Harris Jaffee、Jim MacDonald、Matt Settles 描述： （R） 用于在探针水平分析寡核苷酸阵列（expression/SNP/tiling/exon）的软件包。它目前支持Affymetrix（CEL文件）和NimbleGen阵列（XYS文件）。在大多数微阵列技术中，需要许多关键步骤才能将原始强度测量值转换为数据分析师、生物学家和临床医生所依赖的数据。这些数据操作称为预处理，会影响最终测量的质量。在过去的几年中，高通量的基因表达测量是微阵列技术最流行的应用。对于这一应用，不同的研究小组已经证明，相对于技术设计者和制造商引入的特殊程序，使用现代统计方法可以大大提高基因表达测量的准确性和精确度。目前，微阵列的其他应用正变得越来越流行。我们描述了一种技术的预处理方法，该技术旨在识别与疾病等感兴趣表型相关的人类基因组特定基因或区域中的DNA序列变体。特别地，我们描述了一种用于预处理Affymetrix单核苷酸多态性芯片和使用预处理数据获取基因型调用的方法。我们利用3个相对较大的研究（包括大量独立调用的研究）的数据，演示了我们的程序如何改进现有方法。建议的方法在Bioconductor提供的封装寡头中实现。 主页： http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/oligo.html 依赖项： R（右） 相关软件： BRLMM公司;广场;R（右）;边缘R;CARAT公司;基因SNP;野餐;生物导体;全球气候变化评估;PennCNV公司;针织物;烤面包;银河;功能计数;R子广告;重新计票;正确;基因组图;轨道司机;Gviz公司 引用于： 7文件 全部的 前5名20位作者引用 2 拉斐尔·艾里扎里。 1 亨利克·本特森 1 格雷厄姆·比格内尔 1 贝尼尔顿卡瓦略 1 肖恩·戴维斯。 1 莎拉·埃德金斯 1 Chris D.Greenman。 1 Kasper D.Hansen。 1 乔恩·辛顿 1 数学，埃维 1 乔瓦尼·帕尔米吉亚尼 1 乔纳森·佩夫斯纳 1 英戈·鲁钦斯基 1 罗伯特·B·沙尔夫。 1 特伦斯·保罗，速度 1 Teo，Yik Y。 1 吴宝林 1 吴志进 1 杨佳琪 1 张伟 4篇连载文章中引用 4 生物统计学 1 应用统计学杂志 1 应用统计学年鉴 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 7 统计学（62-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文