爬行动物 swMATH编号： 35195 软件作者： 肖扬（Xiao Yang）、卡琳·道曼（Karin S.Dorman）、斯里尼瓦斯·阿鲁鲁（Srinivas Aluru） 描述： 爬行动物：代表性的瓷砖，用于纠正短读错误。动机：纠错对下一代测序应用程序的成功至关重要，例如重新测序和从头测序。这对于高通量的短读测序尤其重要，因为在这种测序中，读操作要短得多、内容更丰富，错误也比传统的桑格测序更频繁。使用现有的错误纠正方法处理大量的短读操作需要大量的计算和内存，但将其应用于实际数据集时，结果远远不能令人满意。结果：我们提出了一种新的方法，称为Reptile，用于对下一代测序的短读数据进行纠错。爬行动物利用输入读数的k-mer光谱进行工作，并通过同时检查以下内容来纠正错误：（i）基于汉明距离的潜在错误k-mer校正可能性；以及（ii）从相同的相邻k-mer读取正确的上下文信息。由于不需要存储输入数据，爬行动物具有良好的特性，可以处理主内存中不适合的数据。除了序列数据外，爬行动物还可以利用可用的质量分数信息。我们的实验表明，爬行动物在从数据中删除错误的百分比和真基分配的准确性方面优于以前的方法。此外，与以前的方法相比，大大减少了运行时间和内存使用量，使其在采样较大基因组时更适用于短读错误纠正。可用性：爬行动物是用C++实现的，可以通过以下链接获得：http://aluru-sun.ece.iastate.edu/doku.php？id=软件 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/26/20/2526/193714 相关软件： SHREC公司;HiTEC公司;发抖;所有路径;BWA公司;菲奥娜;仪表 引用于： 2文件 全部的 前5名9位作者引用 1 李勇 1 刘法耀 1 理查德·雨果斯 1 舒尔茨，Marcel H。 1 大卫·威斯 1 熊、伟 1 尹建平 1 詹玉斌 1 赵志恒 0连载引用 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文