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Mdtraj公司

swMATH ID: 22742
软件作者: R.T.McGibbon、K.A.Beauchamp、M.P.Harrigan、C.Klein、J.M.Swails、C.X.Hernández、C.R.Schwantes、L.P.Wang、T.J.Lane、V.S.Pande
描述: Mdtraj:用于分析分子动力学轨迹的现代开放库。只需几行Python代码即可阅读、编写和分析MD轨迹。使用MDTraj,您可以从任何可以想象的MD格式(pdb、xtc、trr、dcd、binpos、netcdf、mdcrd、prmtop…)进行读写操作,运行速度极快的RMSD计算(是原始Theobald QCP的4倍)。使用大量分析功能,如键/角/二面体、氢键识别、二级结构赋值、核磁共振观察。使用轻量级API,重点关注速度和矢量化操作。有关详细信息,请参阅mdtraj.org网站。要参与其中,请查看github问题跟踪器和/或用户论坛discusse.mdtraj.org。
主页: https://github.com/mdtraj/mdtraj
源代码:  https://github.com/mdtraj/mdtraj
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