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TriLoNet网络

swMATH ID: 36903
软件作者： 文森特·莫尔顿；詹姆斯·奥德曼；吴涛阳
描述： 一种计算一级网络之间三网距离的立方时间算法。在进化生物学中，构建系统发育网络是为了表示物种的进化，人们认为在这些物种中发生了网状事件，例如重组和杂交。因此，有效的可计算指标有助于系统地比较此类网络。通过开发一种最优算法来枚举一级网络（一种比进化树稍微通用的网络）显示的所有三元组，我们提出了一种三次时间算法来计算两个一级网络之间的三元组距离。通过模拟，我们还比较了三网度量和限制在一级网络中的所谓Robinson-Foulds系统发育网络度量。本文描述的算法已经在JAVA中实现，可以在url上免费获得{https://www.uea.ac.uk/computing/TriLoNet}.
主页： https://academic.oup.com/mbe/article/33/8/2151/2578738
依赖项： 爪哇
关键词： 系统发育树；系统发育网络；算法；三重音符；Robinson-Foulds度量
相关软件： Phylo网络；github；SiPhy网络；PhyloCoal模拟；QuartetNetworkGoodnessFit.jl公司；HybTree（混合树）；NetRAX公司；ASTRAL-II标准；MSC四重奏；巴克；SVD四重奏；RCall.jl公司；石斛镜；PADRE公司；QNet公司；埃塞特拉；诺顿
引用于： 12文件

标准条款

1出版物描述软件，包括1出版物在zbMATH中 年份
一种计算一级网络之间三网距离的立方时间算法。 Zbl 1407.92096号
文森特·莫尔顿；詹姆斯·奥德曼；吴涛阳
2017
全部的 前5名

23位作者引用

6 文森特·莫尔顿。
4 凯萨琳娜·胡贝尔（Katharina T.Huber）。
三 利奥·范·埃尔塞尔
三 吴涛阳
2 雷米·詹森
2 村上春树，Yukihiro
1 Elizabeth S.奥尔曼。
1 安埃，塞西尔
1 赫克托·巴尼奥斯
1 加布里埃尔·卡多纳
1 伊芙琳·德斯瓦特
1 约翰·福克
1 侯赛因·加奈
1 斯约尔斯·科尔
1 马希尔，L.J。
1 利奥尼·尼皮乌斯
1 詹姆斯·奥德曼
1 Pons，琼·卡尔斯
1 哈迪·波莫哈马迪
1 约翰·安东尼·罗德斯
1 Scholz，Guillaume E。
1 安德烈亚斯·斯皮尔纳
1 穆森·萨达里（Mohsen Sardari Zarchi）
全部的 前5名

7篇连载文章中引用

三 数学生物学通报
2 信息处理信件
2 数学生物学杂志
1 分类期刊
1 算法
1 图形算法与应用杂志
1 理论生物学杂志

在5个字段中引用

11 生物学和其他自然科学（92-XX）
6 组合数学（05-XX）
2 计算机科学（68至XX）
1 概率论与随机过程（60-XX）
1 统计学（62-XX）

按年份列出的引文