RNABC（RNABC） swMATH ID: 10929 软件作者： 王学毅；加里·卡普拉尔（Gary Kapral）；劳拉·默里（Laura Murray）；大卫·理查森；简·理查森；斯诺因克，杰克 描述： RNABC：正向运动学，减少RNA骨架中的全原子空间碰撞。虽然RNA结构的准确细节对理解RNA功能非常重要，但骨架构象很难确定，并且当考虑到氢原子时，大多数现有的RNA结构显示出严重的空间位阻（geq 0.4{AA}重叠）。我们开发了一个名为RNABC（RNA主干校正）的程序，该程序执行局部扰动，以搜索替代构象，从而避免这些空间碰撞或其他局部几何问题。它的输入是RNA晶体结构的全原子坐标文件（通常来自MolProbity web服务），并指定了问题区域。RNABC通过锚定在晶体电子密度上最清晰的磷和碱位置，并使用正向运动学重建其他原子，从而重建一个套件（从糖到糖的单位）。几何参数限制在用户指定的标准值或原始值公差内，扭转角限制在通过经验数据库分析确定的范围内。一些优化减少了搜索许多可能构象所需的时间。输出结果被聚集并呈现给用户，用户可以选择是否接受其中一种替代构象。两项测试评估显示了RNABC的有效性，首先是针对42个RNA结构的S模体，其次是针对25个不相关的RNA结构中最差的问题集（严重冲突的簇或严重的糖折叠离群值）。在101个S-基序中，88个被诊断出问题，其中71个（约80个 主页： http://link.springer.com/article/10.1007/s00285-007-0082-x 关键词： 运动链;RNA骨架构象;RNA骨架调节;RNA结晶学;自动重建;立体位阻;s-基序;全原子接触;结构验证 相关软件： 中枢神经系统;库特;菲尼克斯 引用于： 1文件 5位作者引用 1 加里·卡普拉 1 劳拉·默里 1 简·理查森 1 斯诺因克，杰克·斯科特 1 王学毅 连载1篇 1 数学生物学杂志 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文