BASiCS公司 swMATH编号： 45270 软件作者： Catalina Vallejos、Nils Eling、Alan O'Callaghan、Sylvia Richardson、John Marioni 描述： 生物导体/R包BASiCS：单细胞测序数据的贝叶斯分析。单细胞mRNA测序可以揭示看似均匀细胞群中基因表达水平的新的细胞间异质性。然而，这些实验容易受到高水平技术噪音的影响，这为识别在研究细胞群中表现出真正异质表达的基因带来了新的挑战。BASiCS（Bayesian Analysis of Single-Cell Sequenting data，单细胞测序数据的贝叶斯分析）是一种集成贝叶斯层次模型，用于在监督实验的背景下对单细胞RNA测序数据集进行统计分析（其中感兴趣的细胞组是预先已知的，例如实验条件或细胞类型）。BASiCS执行内置数据标准化（全局缩放）和技术噪声量化（基于峰值基因）。BASiCS为单个细胞组中的高（或低）可变基因提供了直观的检测标准。此外，BASiCS可以比较两组或多组预先指定的细胞之间的基因表达模式。与传统的差异表达工具不同，BASiCS量化了超出平均值比较的表达变化，也允许研究细胞间异质性的变化。后者可以通过生物过分散参数进行量化，该参数测量了归一化和技术噪声去除后，相对于泊松采样噪声观察到的过度可变性。由于在scRNA-seq数据集中通常观察到强烈的平均值/过分散混淆，BASiCS还测试了剩余过分散的变化，这些变化是由全球平均值/过度分散趋势的残差值定义的。 主页： https://bioductor.org/packages/release/bioc/html/BASiCS.html 源代码： https://github.com/catavallejos/BASiCS网站 依赖项： R（右） 相关软件： 桅杆;ZIFA公司;OSCA公司;散射;利马;飞溅;DESeq2公司;林诺姆;差异（diffcyt）;HD细胞数据;细胞混合物;muscData（蘑菇数据）;不同的;记录仪;边缘R;生物导体;M3下降;SNN-Cliq公司;SC3型;修拉 引用于： 3文件 全部的 前5名12位作者引用 1 海伦娜·克劳尔。 1 伯尼·德夫林 1 姜浩 1 雷，京 1 马克·罗宾逊。 1 凯瑟琳·罗德 1 潘泰利斯·萨马尔蒂迪斯 1 西蒙·提贝里 1 卢卡斯·韦伯（Lukas M.Weber）。 1 易、明 1 张世华 1 朱凌雪 2篇连载文章中引用 2 应用统计学年鉴 1 应用数学建模 在2个字段中引用 三 统计学（62-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文