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EMDUnifrac公司

swMATH ID: 17710
软件作者: 杰森·麦克莱兰(Jason McClelland)、大卫·科斯利奇(David Koslicki)
描述: EMDUnifrac:统一度量的精确线性时间计算和不同丰度生物体的鉴定。加权和未加权的Unifrac距离都被成功地用于评估两个社区是否存在差异,但没有给出关于两个社区如何存在差异的任何信息。我们利用最近的观察结果,即Unifrac度量等于所谓的推土机距离(也称为Kantorovich-Rubinstein度量),开发了一种算法,不仅可以计算线性时间和空间中的Unifrac距离,同时还发现哪些操作分类单元负责观察到的样本之间的差异。这使得名为EMDUnifrac的算法能够确定给定样本为什么不同,而不仅仅是它们是否不同,并且不增加计算负担。EMDUnifrac可用于树上的任何分布,因此特别适合分析扩增子测序产生的操作分类单元,以及对全基因组鸟枪式宏基因组进行分类产生的群落剖面。EMDUnifrac源代码(用python编写)可从以下网站免费获得:https://github.com/dkosplici/EMDUnifrac
主页: https://arxiv.org/abs/11110.04634
相关软件: 电子工程师蟒蛇githubEMD公司
引用于: 1文件

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