输入法 swMATH ID: 14942 软件作者: Mudunuri,S.B。;纳加拉贾拉姆,H.A。 描述: IMEx:不完善的微卫星提取程序。动机:微卫星,也称为简单序列重复,是大小为1-6的核苷酸基序的串联重复 迄今为止在所有已知基因组中都发现了bp。它们在基因组中的重要性是众所周知的。微卫星与各种疾病基因相关,已被用作连锁分析和DNA指纹研究的分子标记,并且似乎在基因组进化中发挥着重要作用。因此,研究微卫星在感兴趣基因组中的分布、富集和多态性具有重要意义。为此,前提是有一个计算工具可用于从整个基因组序列中提取微卫星(完美和不完美)及其相关信息。对现有工具的检查揭示了其中的某些缺陷,并促使我们开发一种新工具。结果:为了有效筛选微卫星(完美和不完美)的基因组序列,我们开发了一种新的工具,称为IMEx(不完美微卫星提取器)。IMEx使用带滑动窗口的简单字符串匹配算法筛选微卫星的DNA序列,并报告模体、拷贝数、基因组位置、邻近基因、突变事件和许多其他对深入研究有用的特征。IMEx比现有的广泛使用的工具更加敏感、高效和有用。IMEx以独立程序和网络服务器的形式提供。可用性:万维网服务器和独立程序可在以下网站免费访问:http://203.197.254.154/IMEX/或http://www.cdfd.org.in/imex 主页: https://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/10/1181.full 相关软件: STAR公司;T-REKS公司;拖钓;SSR扫描仪 引用于: 3文件 全部的 前5名14位作者引用 1 陈建明 1 Chen,Chihchia先生 1 弗朗西斯·道森。 1 科恩·德·里德 1 T.R.福里。 1 胡振华 1 德里克·库里(Derrick G.Kourie)。 1 Pai、Tunwen 1 玛丽·C·普格。 1 P.V.雷内克。 1 Shih,Tsanhuang先生 1 邹文勇 1 布鲁斯·威廉·沃森 1 Yan,David(大卫·燕) 3篇连载文章中引用 1 应用数值数学 1 系统科学与复杂性杂志 1 离散算法杂志 在5个字段中引用 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 偏微分方程(35-XX) 1 数值分析(65-XX) 1 计算机科学(68至XX) 1 光学、电磁理论(78-XX) 按年份列出的引文