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swMATH ID: 14942
软件作者: Mudunuri,S.B。;纳加拉贾拉姆,H.A。
描述: IMEx:不完善的微卫星提取程序。动机:微卫星,也称为简单序列重复,是大小为1-6的核苷酸基序的串联重复迄今为止在所有已知基因组中都发现了bp。它们在基因组中的重要性是众所周知的。微卫星与各种疾病基因相关,已被用作连锁分析和DNA指纹研究的分子标记,并且似乎在基因组进化中发挥着重要作用。因此,研究微卫星在感兴趣基因组中的分布、富集和多态性具有重要意义。为此,前提是有一个计算工具可用于从整个基因组序列中提取微卫星(完美和不完美)及其相关信息。对现有工具的检查揭示了其中的某些缺陷,并促使我们开发一种新工具。结果:为了有效筛选微卫星(完美和不完美)的基因组序列,我们开发了一种新的工具,称为IMEx(不完美微卫星提取器)。IMEx使用带滑动窗口的简单字符串匹配算法筛选微卫星的DNA序列,并报告模体、拷贝数、基因组位置、邻近基因、突变事件和许多其他对深入研究有用的特征。IMEx比现有的广泛使用的工具更加敏感、高效和有用。IMEx以独立程序和网络服务器的形式提供。可用性:万维网服务器和独立程序可在以下网站免费访问:http://203.197.254.154/IMEX/http://www.cdfd.org.in/imex
主页: https://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/10/1181.full
相关软件: STAR公司T-REKS公司拖钓SSR扫描仪
引用于: 3文件

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