Servalcat公司 swMATH ID: 42032 软件作者： K.Yamashita、C.M.Palmer、T.Burnley、G.N.Murshudov 描述： 使用Servalcat进行Cryo-EM单粒子结构细化和贴图计算。2020年，由于硬件和软件方面的技术发展，低温电子显微镜单粒子分析实现了真正的原子分辨率。高分辨率重建的数量不断增加，这增加了精确测定原子坐标的重要性。这里，介绍了一个名为Servalcat的新Python包和程序，该程序旨在促进原子模型的细化。Servalcat使用CCP4包中的程序REFMAC5实现了一个优化管道。经过精化后，Servalcat计算出加权Fo−Fc差异图，该差异图由贝叶斯统计得出。该地图有助于在真实空间中手动和自动建立模型，这是结晶学中的常见做法。Fo−Fc图有助于可视化弱特征，包括氢密度。虽然氢密度很弱，但比X射线晶体学生成的电子密度图中的氢密度更强，甚至在~1.8时可以看到一些氢原子 奥分辨率。Servalcat还促进了对称约束下的原子模型细化。如果在重建过程中将点组对称应用于地图，则使用适当的对称约束对非对称单元模型进行细化。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8489229/ 源代码： https://github.com/keitaroyam/servalcat网站 相关软件： 剪刀;互惠空间;cctbx公司;CCP4型;最小值2;落叶松;CCP4i2型;UglyMol公司;自动BUSTER;GEMMI公司 引用于： 0个文档