BetaSCP公司 swMATH ID: 8772 软件作者： 柳钟铉；Kim、Deok-Soo 描述： 通过β复合物进行侧链定位优化蛋白质结构。分子结构决定分子功能，正确理解分子结构对生物技术很重要。分子结构的计算预测是重要生物分子应用的经常要求，例如同源建模、对接模拟、蛋白质设计等，其中分子结构的优化是基础。蛋白质结构优化的核心问题之一是侧链的优化，称为侧链定位问题。侧链定位问题假设骨架和旋转异构体库的刚性，试图将旋转异构体优化分配给每个残基，从而使蛋白质的势能整体最小化。使用（混合）整数线性规划和死区消除技术的最优解方法，即使对于中等大小的蛋白质也会受到影响，因为副链定位问题是NP-hard。另一方面，注重速度的流行启发式方法会产生低质量的解决方案。本文提出了一种有效的算法，称为BetaSCP，用于解决基于beta-complex的侧链定位问题。BetaSCP算法将更高的优先级放在解决方案质量上，在合理的计算时间内生成非常接近最优值的解决方案。BetaSCP的有效性和效率通过使用从蛋白质数据库中选择的20个测试模型对著名算法进行的基准测试进行了实验验证。 主页： http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10898-012-9886-3 关键词： 蛋白质结构优化;蛋白质设计;旋转加速器;Voronoi图;准三角形调节;β-复合体;整数线性规划;最佳的;启发式的;BetaSCP公司;SCWRL公司;区域服务提供商 相关软件： TM-对齐;ARIA公司;坦率的;CYANA公司;QTFier公司;区域服务提供商;SCWRL4号机组;查姆;迷你球 引用于： 3文件 全部的 前5名9位作者引用 1 赛义德·阿塞迪 1 法扎德·迪德瓦尔 1 Gonçalves，道格拉斯·索尔斯 1 Kim、Deok-Soo 1 卡里尔·坎波斯·拉沃 1 利贝蒂，利奥 1 阿里·莫哈德斯 1 安东尼奥·穆切里诺 1 Ryu、Joonghyun 2篇连载文章中引用 2 全球优化杂志 1 理论计算机科学 在2个字段中引用 2 运筹学、数学规划（90-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文